Переустройство церкви, начатое Цвингли, после его смерти приостановилось только в немецкой Швейцарии. Во французской же Швейцарии его дело продолжали другие работники реформации. Один из них Вильгельм Фарель, в 1532 г. появился в Женеве и имел такой успех, что женевцы в 1535 г. стали за реформацию и начали вводить церковное устройство согласно учению Цвингли. Но окончательная организация нового религиозного общества в Швейцарии, немного отличного от лютеранства, принадлежит Иоанну Кальвину.

Кальвин, родом француз, родился в 1509 г., был человек весьма способный, но отличался крайне суровым и мрачным настроением духа. Изучив в Париже латинское богословие, и ознакомившись там же с протестантскими мнениями, он разорвал связи с Римской церковью и выступил в роли реформатора. В 1536 г., он, не решаясь оставаться во Франции, прибыл в Женеву, сошелся с Фарлем и вскоре, несмотря на свою молодость, стал во главе реформаторский партии. Он выделялся ясностью ума, убедительностью речи, твердой волей и умением влиять на людей. Он, разделяя воззрения Лютера и Цвингли, присоединил к ним и свои. Особенность его учения заключалась в учении о таинстве Евхаристии и, главным образом, в учении о предопределении. Он написал “Наставление в христианской вере,” в котором старался доказать, что протестантизм не есть собрание случайных и изменчивых мнений, а стройное исповедание истинной и божественной церкви. Кальвин направил свою деятельность на реформу нравов, приурочив ее к своему учению о предопределении. Он убеждал, что мысль о предопределении ко спасению (так как никто не знает куда он предопределен), должна возбуждать чувство веры и преданности воле Божией, располагать к строгой нравственной жизни и т.п. Поэтому от своих последователей, как предопределенных к спасению, он требовал строгой, аскетической жизни.

Правила жизни, данные им женевцам, и его стараниями возведенных в 1538 г. женевским советом на степень государственных законов, касались всего из быта и отличались большой строгостью и суровостью. Так, например, всякого вида проявления роскоши, обычные увеселения, игры, пение светских песен, музыка и тому подобного, этими правилами безусловно запрещались и даже преследовались с неумолимой строгостью разными исправительными наказаниями. За серьезные же проступки, как богохульство, кощунство, распущенная жизнь, назначалось изгнание из отечества, и даже смертная казнь. Такие суровые правила восстановили очень многих против Кальвина, образовалась сильная партия недовольных, которая заставила его бежать из Женевы. Только в 1540 г., когда его приверженцы взяли перевес, реформатор смог вернуться в Женеву. Теперь он совершенно подчинил своему влиянию женевцев и в течение 20-и лет успел довести дело до конца. Особенно беспощадно он относился к свободомыслящим, то есть к людям, которые имели свои собственные взгляды по религиозным вопросам. Они были для него ненавистнее католиков. Один из свободомыслящих, испанец Сервет, живший в Бургундии, вступил в переписку с Кальвином и пытался его убедить, что догмат Троичности ложен. Кальвин донес на него французской инквизиции и доставил письма Сервета. Последний успел бежать, но по неосторожности, по пути в Италию, заехал в Женеву. Его немедленно арестовали. Кальвин повел против него процесс, который кончился сожжением Сервета. Он беспощадно расправлялся со своими политическими противниками или с людьми, возражавшими против его цензуры мнений и нравов. Многие женевцы выехали из города, но зато появились тысячи протестантов, подвергавшихся гонениям во Франции. Их общины сплотились вокруг Женевы, и Кальвин установил “цюрихское соглашение,” которое присоединило кальвинистов и цвиглианцев в т.н. “реформаторскую” церковь. Затем была основана академия для подготовки протестантских проповедников во французских землях.

Кальвин удалил из церквей все, что напоминало о католичестве — иконы, кресты, престолы и пр. Были изгнаны даже церковная музыка и украшения. Само богослужение ограничивалось проповедью, чтением молитв и простым пением псалмов. Обрядность была отменена. Таинство крещения совершалось через одно окропление водой без крестного знамения, таинство причащения — в виде преломления хлеба поочередно каждым из присутствующих и притом сидя. Эти таинства были удержаны Кальвином. Отвергнув иерархию, он заменил ее учителями и проповедниками и учредил должность старейшин для наблюдения за нравственной жизнью членов каждой общины и диаконов для заведывания благотворительными учреждениями. Избрание всех этих должностей Кальвин предоставил не светской власти, как Лютер, а самим общинам.

Кальвин умер в 1564 г. Основанное им учение называется реформаторским или кальвинким. Женева сделалась “священным городом” для западного протестантизма и школой, от которой шли нити во Францию, Германию, Голландию и Англию.