Византийские императоры издавна принимали большое участие в церковных делах и имели сильное влияние на представителей церковной власти — патриархов. Однако патриархи, имевшие кафедры в странах не входивших в состав империи, были свободны от влияния императоров, кроме тех случаев, когда они проживали в Константинополе. Патриархи же константинопольские испытывали большие стеснения от императоров, главным образом от их участия в избрании и низложении патриархов. Избрание и низложение вполне зависело от императоров, а духовенство при этом имело второстепенное значение. Порядок избрания патриархов был такой. Епископы, составлявшие поместный собор или синод, избирали трех кандидатов, писали их имена на бумажках, и тянули жребий. Но так как в синоде председательствовал император, то дело избрания направлялось так, чтобы жребий пал именно на лицо, угодное императору. Избирая кандидата на патриаршую кафедру, императоры, не обращали внимание на достоинства и способности избираемых; им было нужно иметь на кафедре вполне преданных им людей, не способных оказывать какое-либо противодействие. Один византийский историк (Георгий Акрополит), говоря об избрании преемника патриарху Мануилу в половине 13-го века, делает такое замечание: “цари вообще хотят, чтобы патриархами были люди смиренные, недалекие по уму, которые бы легко уступали их желаниям, как признанным постановлениям.” Другой историк (Никифор Григора) 14-го века дает такое же точно свидетельство. Например, при Андронике 2 Палеологе (около 1320 г). был избран Герасим седой старик, потерявший слух, без всякой учености, который по своей необразованности и простоте был послушным орудием царя. Цари, говорит историк, — на такие высокие места и выбирают таких людей, которые беспрекословно бы подчиняются их приказам, как рабы, и не оказывали никакого противодействия. А Иоанн Кантакузен, соправитель Андроника 3-го младшего, употребил следующую хитрость при избрании в патриархи священника своей домашней церкви, Иоанна Калекса.

Члены синода не соглашались избрать его; Кантакузен уговорил их поставить его архиепископом; когда же те согласились, он потребовал, чтобы избрали его в патриархи, так как он, как и все епископы, имеет право на занятие патриаршей кафедры. Если патриарх был неугоден императору, то последний всегда имел возможность низвергнуть его. В таких случаях императоры прибегали к интригам, добавляя доносы и обвинения (обыкновенно несправедливые) и заставляли архиереев произносить осуждение на них и низлагать. Таким образом, низложение совершалось с соблюдением всех, установленных законами, формальностей, хотя бывали случаи, что императоры обходились и без этого. Примеров низложения патриархов в описываемую эпоху большое число. Вот некоторые из них. В конце 12-го века Исаак Ангел низложил и заточил, одного за другим, четырех патриархов — Василия Кататира, Никиту, Леонтия и Досифея. Также распоряжался патриаршей кафедрой и Махаил 8-й Палеолог в 13 веке. Низложив благочестивого патриарха Арсения, но поставил на его место Германа; когда этот оставил кафедру, поставил Иосифа, низвергнут потом за противодействие унии, поставил Иоанна Векка, даже и этого удалил, было и возвратил только в угоду папским легатам. По поводу низложения патриарха Арсения и поставления Иосифа, образовался даже раскол в церкви (арсенианский), который окончился только в 1312 году.

Вследствие такого произвольного со стороны византийских императоров распоряжения патриаршей кафедрой, нередко случалось, что ее занимали люди недостойные и неспособные. Но все же было несколько замечательных патриархов, проходивших свое служение достойным образом. Таковы, напр., из патриархов константинопольских второй половины 11-го века: Николай грамматик, известный своей любовью к просвещению, и любимый народом; 12 в. — Михаил Каракуза, благочестивый и просвещенный патриарх, Козьма Атик, отличавшийся святой жизнью и благотворительностью; Михаил Анхиалий, ревностный защитник православия против латинян; Феодосий, человек честный и правдивый; 13 в. — Арсений, строгой и благочестивой жизни; Афанасий строгий отшельник и ревностный исправитель нравов клира, его обличений боялись даже царские дети; 14 в. — Иоанн Гликис, просвещенный и трудолюбивый пастырь и другие. Из прочих восточных патриархов известно немного, сохранились одни только имена. Из Александрийских патриархов замечательны: Николай 1-й (около 1200 г.), переписывавшийся с папой Иннокентием 3-м об освобождении от турок Египта при помощи крестоносцев; Николай 2-й, бывший на соборе в Константинополе, низложившим Арсения, и державший его сторону; Афанасий 3-й, принимавший живое участие в делах константинопольской церкви во время лионской унии; 15 в. — Филофей, осудивший вместе с другими патриархами флорентийскую унию. Из иерусалимских патриархов замечательны: Лазарь (14 в.), подвергавшийся страшным истязаниям за веру от турок в Египте; Иоаким (15 в.), осудивший флорентийскую унию, и другие.