Управление греко-восточной церковью, как и в прежние века, сосредоточивалось в руках четырех православных патриархов — константинопольского, Александрийского, Антиохийского и иерусалимского. Константинопольский патриархат, занявший еще с 7-го века первенствующее положение в ряду прочих патриархатов, сохранил за собой это положение и теперь. Он стоит во главе важнейших событий церковно-исторической жизни, принимает деятельное участие в разрешении общецерковных вопросов и своим авторитетом дает силу тем или другим решениям. Прочие патриархи востока, находясь под игом мусульман и латинян и имея небольшие паствы, принимали меньшее участие в общецерковных делах и имели меньший авторитет (были случаи, когда им, теснимым, приходилось оставлять свои кафедры и проживать в Константинополе, имея только титул патриархов). Но при этом они не были в подчинении к патриарху Константинопольскому. Взаимные отношения всех восточных патриархов представляли союз равных по достоинству и власти иерархов. Константинопольский патриарх по внешним причинам, был только первым среди равных, он не имел права повелевать прочими или своей властью без их согласия решать общецерковные дела. История попыток к соединению с латинянами вполне это подтверждает. Император и патриархи Константинополя для переговоров всегда приглашали восточных патриархов. Так в первой половине 13 века, когда шли переговоры латинян с никейским императором Иоанном Дукою (1222-55 г). и патриархом Германом, Герман сказал папским легатам, что без восточных патриархов ничего нельзя решать. Во время лионской унии имп. Михаил Палеолог прилагал все старания получить согласие на унию от патриарха Александрийского, Афанасия 3-го, проживавшего в то время в Константинополе. На Флорентийском соборе восточные патриархи в лице своих уполномоченных принимали самое живое участие во всех совещаниях по вопросу о соединении церквей. Если случалось что константинопольский патриарх превышал свою власть и хотел сам решать общецерковные дела, то другие патриархи давали ему твердый отпор. Так было после Флорентийского собора, когда восточные патриархи осудили константинопольского патриарха Митрофана Кизинского, а потом низложили другого — Григория Мамму. Еще меньше было возможно подчинение во внутренних делах по управлению патриархатами. Каждый патриарх управлял своей епархией вполне самостоятельно и независимо один от другого.

Как и в прежние века, патриархи не были единоличными правителями церкви. Существовала соборная форма управления, и патриархи разделяли свою власть с соборами. В настоящий период мы более не видим вселенских соборов, так как вопросы веры, для которых они собирались, все были определены; теперь мы видим только соборы поместные. Они были двоякого рода: соборы частные, из одного патриарха и подчиненными ему митрополитами и епископами, и соборы общие, в которых принимали участие все или некоторые патриархи, лично или через уполномоченных. Соборы первого рода, или иначе синоды постоянно действовали. Круг их действий был весьма обширен: вместе с патриархом они надзирали за всеми частями церковного управления, разбирали дела о ересях и еретиках (напр., богомильская ересь), производили суд над епископами и митрополитами и даже иногда над патриархами, избирали кандидатов на епископские кафедры и тому подобное. Соборы же второго рода составлялись весьма редко из-за стесненных политических обстоятельств. Только особо важные дела, касавшиеся всей греко-восточной церкви, побуждали их, несмотря на все препятствия, составлять общие поместные соборы. К такого рода делам относится напр., попытки олатинить восточную церковь при посредстве флорентийской унии. По этому поводу состоялось два собора в Иерусалиме (1443 г). и Константинополе (1450 г.).