Старания Юстиниана присоединить монофизитов к Православной Церкви (вызвашие пятый Всел. Собор) не привели к желаемым результатам. Правда, умеренные монофизиты присоединились к Церкви, но в одном почти константинопольском патриархате. Монофизиты же других патриархатов особенно строгие (афтартодокеты), оставались по прежнему упорными еретиками. В государственных видах, Юстиниан сделал попытку присоединить и их, путем уступки им: в 564 году он потребовал, чтобы православные епископы приняли их в общение. Но епископы отказались принимать в церковь еретиков, не принимавших православного учения. За это Юстиниан начал их низлагать и ссылать в заточение. Такая участь постигла прежде всего патриарха константинопольского Евтихия. Впрочем, Юстиниан вскоре умер (565 г). и замешательства в Церкви прекратились. Монофизиты, между тем, окончательно сформировались в отдельные от православной Церкви общества. В Александрии в 536 году был поставлен новый православный патриарх; но его признала только небольшая часть египтян, преимущественно греческого происхождения. Коренный же жители, древние египтяне, известные под именем коптов, все монофизиты, выбрали своего патриарха и образовали свою коптскую монофизитскую церковь. Они называли себя коптскими христианами, православных же — мелхитами (содержащими императорское вероучение). Число коптских христиан простиралось до 5 миллионов. С ними вместе и абиссинцы уклонились к монофизитству и также образовали еретическую церковь в союзе с коптской. В Сирии и Палестине монофизитство вначале не так прочно утвердилось, как в Египте; Юстиниан низлагал всех епископов и пресвитеров этого учения, и ссылал в заточение, вследствие чего монофизиты оставались без учителей. Но одному сирскому монаху, Иакову (Барадею), удалось объединить всех монофизитов Сирии и Месопотамии и устроить из них общество. Его рукоположили в епископа все низложенные Юстинианом епископы и он в продолжении 30 лет (541-578 г). с успехом действовал в пользу монофизитства. Он ходил по странам в одежде нищего, посвящал епископов и пресвитеров и даже устроил монофизитский патриархат в Антиохии. От его имени монофизиты Сирии и Месопотамии получили название яковитов, что сохраняется и до настоящего времени. Армянская церковь тоже отпала от Вселенской, но не из-за усвоения монофизитского учения, а по причине недоразумений, она не приняла постановлений Халкидонского собора и послания папы Льва Великого. Недоразумения были такого рода: на Халкидонском соборе (451 г). не было представителей армянской церкви, почему в ней не были известны в точности эти постановления. А между тем в Армению приходили монофизиты и распространяли ложный слух, что на соборе восстановлено несторианство. Когда постановления собора появились в армянской церкви, то по незнанию точного значения греческого слова ***, армянские учители, при переводе принимали его в значении лица и потому утверждали, что в Иисусе Христе одно ***, разумея под этим единое лицо; про тех же кто говорили, что в Иисусе Христе два ***, они думали, что те разделяют Христа на два лица, т.е. вводят несторианство. Далее, в греческой церкви до второй половины 5-го века происходили споры о важности Халкидонского собора, и эти споры отозвались в армянской церкви. На соборе в Эомиадзине 491 года армянами был принят Энотикон Зенона и отвергнут Халкидонский собор. В 30 годах 6 го века, когда многие монофизиты бежали от преследований Юстиниана в Армению, а здесь держался еще ложный слух о Халкидонском соборе, армянская церковь высказалась против этого собора, который на соборе в Тиве 536 г., был осужден. С этого времени армянская церковь отпала от союза со Вселенской и образовала из себя общество не столько еретическое, как раскольничье, т. к. в учении о естествах в Иисусе Христе она была согласна с учением Церкви, и разнилась только в словах. В армянской церкви, кроме этого образовались некоторые особенности в церковном устройстве, существующие до настоящего времени. Так, трисвятая песнь читается и поется с монофизитским прибавлением: распныйся за ны; евхаристия совершается (с начала 6 века) на опресноках, причем вино не смешивается с водой; праздник Рождества Христова празднуется вместе с Богоявлением и рождественский пост продолжается до дня Богоявления и проч. Армянская церковь состоит под управлением своего патриарха — католикоса.