Важное место в деятельности Пия IX занимали взаимоотношения с царской Россией. Папский престол никогда не отказывался от надежд втянуть Россию в зону влияния католицизма. Включение значительной части польских земель в состав Российской империи придало этим надеждам видимость реальности. Польша была форпостом католицизма на Востоке. Ватикан рассчитывал использовать польскую карту в своей дипломатической игре с Россией.

Однако позиции католицизма в России не только не укрепились, но значительно ослабли. В 1839 г. состоялся униатский собор в Полоцке, постановивший порвать с католицизмом. Униатская церковь создана на Украине в результате заключения Брестской церковной унии в 1596 г., навязанной украинскому народу польскими феодалами. Уния предполагала подчинение православной церкви папе римскому и признание ею основных догм католицизма при сохранении православной обрядности. В 1946 г. решением собора униатского духовенства во Львове уния была упразднена. В результате многие униаты вернулись в лоно православной церкви. В 1842 г. в Петербурге была учреждена римско-католическая духовная академия, что позволило властям усилить контроль над деятельностью католической иерархии. Отношения царизма с Ватиканом обострились. Лишь новый подъем революционного движения в Европе в 40-х годах прошлого столетия вынудил обе эти силы вновь пойти на сближение. В декабре 1845 г. состоялась встреча Николая I с папой Григорием XVI в Риме, во время которой была достигнута договоренность о заключении конкордата, который был подписан уже при либеральном Пии IX 3 августа 1847 г.

Осуждение новым папой коммунизма и социализма способствовало дальнейшему сближению Ватикана с царизмом, хотя традиционные для них противоречия не были изжиты или преодолены. Э. Винтер. Папство и царизм. Папство готово было сотрудничать с царизмом в борьбе с революционным движением, надеясь, что такое сотрудничество приведет к укреплению позиций католицизма в России. Однако не прошло и нескольких месяцев после подписания конкордата, как Пий IX выступил в январе 1848 г. с энцикликой In suprema Petri apostoli sede ( У верховного апостольского престола Петра ), в которой призвал православную церковь к единству с высшим престолом апостола Петра . Э. Винтер. Папство и царизм. Такие притязания на поглощение православия не могли не вызвать резкую отповедь со стороны царизма.

Польское восстание 1863 г. способствовало новому обострению отношений папства с царизмом. Хотя Пий IX и высшая католическая иерархия в польских землях осудили восстание, в то время как значительная часть рядового духовенства его поддержала, царизм все же считал, что втайне и они сочувствовали и потворствовали идее польской независимости. Отсюда ряд мер царского правительства, направленных на ограничение деятельности католической церкви на территории Российской империи. Так, из Варшавы были удалены архиепископ Сигизмунд Фелинский и его генеральный викарий, ссылке подвергся униатский епископ Каменский. Под предлогом, что повстанцы находили убежище в католических монастырях, царские власти 18 ноября 1864 г. опубликовали указ, по которому подлежали закрытию 114 (из 197) католических монастырей в России. Царизм категорически воспротивился учреждению нунциатуры в Петербурге, опасаясь, что это приведет к дальнейшему укреплению связей папства с польской церковной иерархией.

Для управления католической церковью в пределах Российской империи была создана Духовная коллегия во главе с послушными правительству католическими иерархами.

Эти действия царизма крайне раздосадовали Пия IX.

В пресловутом Силлабусе Пий IX предал анафеме всех тех, кто обвинял папство в церковном расколе (заблуждение XXXVIII). Именно такие обвинения против папства выдвигала православная церковь. Взаимные подозрения между царизмом и Ватиканом продолжали накапливаться. На пасхальном приеме в Риме 27 декабря 1865 г. Пий IX вступил в перебранку с русским поверенным в делах при папском престоле бароном Мейерсдорфом. Последний, естественно, оправдывал действия русского правительства. Рассерженный папа потребовал, чтобы Мейерсдорф покинул прием. Царское правительство воспользовалось этим инцидентом и в 1866 г. закрыло свое посольство в Риме. Таким образом, дипломатические отношения между Россией и папским престолом были прерваны, хотя неофициальные контакты продолжали иметь место. После образования Священного союза царская Россия установила с папским престолом дипломатические отношения, которые осуществлялись через русскую миссию при Ватикане. Они осуществлялись в том числе и через русских дипломатических представителей, аккредитованных при итальянском правительстве, присутствие которых в Риме отнюдь не вызывало возражений папского престола.

Разрыв дипломатических отношений с Россией еще больше ослаблял позиции папства, светская власть которого и без того висела на волоске. Пий IX пытался возобновить отношения с Россией, используя для этого своего парижского нунция Киджи, лично знавшего Александра II. В 1867 г. Киджи встретился с русским царем во время его посещения Парижа. Однако примирения не произошло. Александр II, по-видимому, решил выждать, пока папа будет лишен светской власти. Озлобленный Пий IX опубликовал 17 октября 1867 г. V энциклику Dovete ( Должен ), в которой вновь обвинил Россию в гонениях на католическую церковь. Папа заявил о непризнании Духовной коллегии, запретив католикам в России подчиняться ее указаниям и распоряжениям.

После присоединения папских владений к Италии и лишения папы светской власти в Петербурге решили, что Пий IX станет более покладистым. В 1872 г. в Ватикан был направлен русский дипломат Петр Капнист. Ему было поручено позондировать почву насчет возобновления отношений с папским престолом. Но Пий IX, не желая терять лица , предпочел уклониться от какого-либо формального сближения. Тем не менее он был вынужден возвести сотрудничавшего с правительством епископа Фиалковского в сан митрополита католической церкви в России и одобрить перенос центра митрополии из Могилева в Петербург. Согласился папа и с ликвидацией последней на территории России униатской епархии в Холме и, наконец, признал компетенцию Духовной коллегии. Оказавшись узником Ватикана, Пий IX уже не мог диктовать свои условия кому бы то ни было.