В результате превращения христианства в господствующую религию и в Восточной, и в Западной Римской империи сложилась сильная и централизованная церковная организация во главе с епископами, управлявшими отдельными церковными округами (епархиями). К середине V в. образовалось пять центров христианской церкви, или пять патриархий, епископы которых получили титулы патриархов,— в Константинополе, Риме, Александрии, Антиохии и Иерусалиме. Дальнейшая история христианской церкви в Византии и на Западе развивалась по-разному, в соответствии с особенностями развития в них феодализма.

В основу своей организации восточнохристианская церковь положила административное деление Восточной Римской империи. При этом из четырёх патриархий, находившихся в составе восточнохристианской церкви (константинопольской, александрийской, антиохийской и иерусалимской), на церковном соборе 381 г. столичная константинопольская патриархия получила первенствующее положение. Сильная императорская власть, сохранившаяся в Византии, стремилась к тому, чтобы, церковь была послушным орудием государства и находилась от него в полной зависимости. Византийские императоры уже на соборах середины V в. были признаны лицами, имеющими верховные права в церкви с титулом «императора-архиерея». Хотя высшим органом восточнохристианской церкви считались церковные соборы, право созыва этих соборов принадлежало императору, который определял состав их участников и утверждал их постановления.

Иным было положение церкви в странах Западной Европы, где произошли весьма существенные перемены после падения Западной Римской империи и исчезновения императорской власти. Принятие христианства «варварскими» королями и знатью способствовало тому, что церковь, внедрившаяся в «варварское» общество, которое переживало процесс феодализации и закрепощения крестьян, смогла занять в этом обществе особое положение.

Пользуясь слабостью раннефеодальных «варварских» государств и их взаимной борьбой, епископы «вечного» города Рима, с IV в. именовавшиеся папами, очень рано присвоили себе административные и политические функции и стали выступать с претензиями на высший авторитет в делах христианской церкви в целом. Реальной основой политической власти римских епископов — пап являлись богатейшие земельные владения, сосредоточенные в их собственных руках и в подчинённых им монастырях. Во второй половине VI в. номинально зависимые от Византии, власть которой в Италии к этому времени сильно уменьшилась, римские папы стали фактически совершенно самостоятельными. Для оправдания своих притязаний римские папы распространили легенду о том, что римская епископская кафедра будто бы была основана апостолом Петром (считавшимся учеником мифического основателя христианской религии Иисуса Христа). Поэтому свои огромные земельные владения папы называли «вотчиной св. Петра». Эта легенда должна была создать ореол «святости» вокруг римских пап. Папа Лев I (440—461) для подтверждения прав римского епископа на первенство среди других епископов прибег к подлогу. В латинский перевод постановлений первого «вселенского» собора он вставил фразу: «Римская церковь всегда имела первенство». Эти же идеи развивали и последующие папы, несмотря на то, что притязания римских епископов—пап на господствующую роль во всей христианской церкви вызывали самое решительное противодействие со стороны других епископов, в особенности восточных.

Средневековая христианская церковь в своей структуре воспроизводила феодальную иерархию. Так, на Западе главой церкви стал римский папа. Ниже папы стояли крупные духовные феодалы — архиепископы, епископы и аббаты (настоятели монастырей). Ещё ниже находились священники и монахи. Небесный мир средневекового христианства являлся точным воспроизведением мира земного. На самом верху небесной иерархии, по учению церкви, находился всемогущий «бог-отец» — копия земных владык,— окружённый ангелами и «святыми». Феодальная организация небесного мира и самой церкви должна была освятить в глазах верующих феодальные порядки на земле.

Огромную роль в средневековой христианской церкви играло монашество, получившее широкое распространение и на Востоке, и на Западе. Монашество возникло в период раннего христианства как форма отшельничества или бегства из общества тех людей, которые потеряли веру в возможность избавиться от социального гнёта. Однако уже к VI в. созданные монахами общежития (монастыри) превратились в богатейшие организации. Труд перестал быть обязательным для монахов, а об аскетизме монашества периода его зарождения давно было забыто. На Востоке монашество стало крупной политической силой, пытавшейся влиять на дела государства. На Западе же, начиная с Бенедикта Нурсийского (480—543), основавшего Монте-Кассинский монастырь в Италии и положившего тем самым начало бенедиктинскому ордену, монашество сделалось верной опорой римских пап и в свою очередь принимало активное участие в политических делах западноевропейских государств.

Всемерно содействуя господствующему классу оформлять и укреплять феодальную зависимость крестьянства, церковь и на Востоке, и на Западе являлась сама крупнейшим землевладельцем. Она получала огромные земельные владения в порядке дарений от королей и крупных феодалов, которые стремились упрочить положение церковной организации, освящавшей их господство. Дарами в пользу церкви они рассчитывали в то же время обеспечить себе «царство небесное». И в Византии, и на Западе церкви и монастыри владели примерно одной третью всей земли. В монастырских хозяйствах работали тысячи крепостных, подвергавшихся ещё более жестокой эксплуатации, чем на землях светских феодалов. Особенно велики были земельные владения церкви в Италии. В V в. три римские церкви — Петра, Павла и Иоанна Латеранского — получали, кроме доходов натурой, ещё 22 тыс. солидов (около 128 тыс. руб. золотом) годового дохода.

Корыстолюбие и жадность духовенства не знали пределов. Огромные земельные богатства были получены церковью путём обманов, подлогов, подделки документов и пр. Клирики и монахи пускали в ход угрозы небесными карами и вымогали завещания в пользу церкви. Церковные владения пользовались правом иммунитета на Западе и подобным же правом экскуссии в Византии. Церковные служители подлежали только церковному суду.

Епископы наделялись также и административными функциями. Всё это возвышало их в обществе и способствовало усилению их власти. Образ жизни высшего духовенства мало чем отличался от образа жизни крупнейших светских феодалов.