Распространения христианства в Болгарии много способствовали походи болгарского князя Крума (802-815) на Византию в начале 9 го века. Среди множества пленных выведенных им из империи, был и адрианопольский епископ Мануил. Он обратил многих болгар ко христианству, которое настолько распространилось, что преемник Крума, Мортагон, воздвиг на них гонение, при чем пострадал и еп. Мануил. С восшествием на престол князя Бориса (ок. 852), христианство распространялось открыто. Бориса подготовлял к крещению греческий пленный монах Федор Куфара. Большое влияние на кн. Бориса оказала его сестра, находившаяся некоторое время в плену в Константинополе. Оказал на него влияние и живописец Мефодий, написавший для него картину Страшного суда. Болгарию постиг голод, заставивший Бориса воевать с греками. После мирного договора, князь был крещен, вне границ своего царства, архиереем, присланным из Константинополя, и назван по имени своего восприемника имп. Михаила. Большое участие в христианском просвещении Бориса принял патр. Фотий. Известно его послание к князю от 865 г. Князь крестил своих подданных, наказав тех бояр, которые попробовали возмутиться. Через два года после крещения в (855 г). Борис, недовольным тем, что греки не давали Болгарии архиепископа или патриарха, вел три года переговоры с Римом. Но затем он снова обратился в Константинополь; где Собор 869-70 годов назначил полунезависимого архиепископа Иосифа. Этим было положено начало церковно-административному устройству болгарской Церкви. Приход в Болгарию (ок. 866 г). изгнанных из Моравии учеников свв. Кирилла и Мефодия — свв. Климента, Горазда, Наума, помог развитию в стране широкой просветительной деятельности. В 893 г. князь Борис-Михаил удалился в монастырь, где и скончался в 907 г., будучи потом причислен к лику святых.

Болгарская Церковь окончательно организовалась при его сыне и втором преемнике славном Симеоне (888-927). Он и сам занимался, и поручал просвещенным людям переводы вероучительных книг с греческого на славянский язык. Ему принадлежит “Златоструй,” его современнику Иоанну, болгарскому экзарху — “Шестоднев” и др., Константину, епископу болгарскому “Учительное Евангелие” и др., черноризцу Храбру “сказание о письменах” славянских. Этим было положено Симеоном основание болгарской письменности. Он стремился к устройству национального независимого церковного управления. Хотя болгарская церковь на первых порах стала в иерархическую зависимость от константинопольского патриарха, Симеон, расширивший свое государство за счет побежденной Византии, провозгласил Доростольского митрополита Леонтия патриархом, без согласия патр. Константинопольского. В тридцатых годах 10 века при болгарском царе Петре (968 г). греческая Церковь признала доростольского архиеп. Дамиана автокефальным с титулом патриарха. Патриарх выбирался из болгар болгарскими архиепископами. В то время в состав болгарской церкви входило 30 епископий. Кафедра находилась в г. Доростоле (нынешней Силистрии).

В 971 г. византийский имп. Иоанн Цимисхий завоевал предбалканскую Болгарию с Доростолом. Патриаршую кафедру перенесли в Сердику (Софию), затем в Воден, Моглену, Пресну, и, наконец в Охриду. В Болгарии того времени возникла крупная ересь богомилов. Но появились примеры и аскетической жизни. Наиболее ярким выразителем аскетизма был преп. Иоанн Рыльский (ум. 946 г.), положивший основание знаменитой Рыльской обители, оставшейся навсегда всенародной святыней Болгарии.

В 1019 г. имп. Василий, прозванный Болгаробойцем, завоевал все Болгарское царство и положил конец его существованию. Но он же подтвердил сохранение автокефалии охридской Церкви, поставив архиепископом Иоанна. Но в скором времени она преобразовалась в греческую, т.е. ее архиепископами, начиная с Льва болгарского, императоры назначали греков. Некоторые из них относились заботливо к своей болгарской пастве. Таков был, напр., бл. Феофилакт, оставивший “Благовестник” и другие труды.

В 1185 г. болгары свергли греческое иго. Два брата, бояре Петр и Асень, восстановили царство, хотя и не в прежних пределах, со столицей в Тернове. Так как архиепископия находилась во власти греков, то, по распоряжению новых государей, в 1185-6 г. был поставлен болгарский архиепископ, с кафедрой в Тернове. Оказалось два автокефальных болгарских архиепископа — один в Византии, другой в Болгарии. Цари Петр и Асень и преемник их Иоанн Калиан (1195-1207), находились в неприязненных отношениях с Византией. Нуждаясь в признании другими государствами, Болгария завязала сношения с папой. На папском престоле был известный Иннокентий 3-ий. Он предложил царю Калиау короновать его, но с подчинением болгарской церкви папскому престолу. В 1204 г. папский легат короновал Калияна королевским венцом, а терновского архиепископа Василия возвел в звание примаса болгарской церкви. Но подчинение состоялось только на бумаге и политических целях. Сношения с Римом вскоре прекратились.

После завоевания крестоносцами в 1204 году Константинополя, греческая империя ограничивалась малоазиатскими владениями (Никейское государство). Болгарское же царство, при царе Асене 2-ом (1221-45), обладая большей частью Балканского полуострова, достигло высшей степени своего могущества. Вследствие этого греческий имп. Иоанн Дука (1222-55) просил руки дочери Асеня для своего сына. Используя такое положение, Асень добился того, что император и патриарх константинопольский, с другими патриархами, предоставили терновскому архиепископу титул патриарха, после чего он стал именоваться, как и архиепископы первого царства, патриархом. Первым патриархом, посвященным в Лемсаке в 1234 г., был Иоаким 1-ый. В последующие времена, константинопольские патриархи, признавая за терновскими архиепископами автокефальные права и патриарший титул, все таки не признавали их равными себе.

В пятидесятых годах 14 в., при патриархе Феодосии 2-ом, в Тернове был собор по поводу ереси богомилов, продолжавшей еще смущать болгарскую Церковь и после формального суда над еретиками во время владычества в Болгарии греков. Последним патриархом во второй половине 14 века был Евфимий. Он известен не только своей ревностной пастырской деятельностью, но и особенными своими трудами по исправлению богослужебных книг. Исправленные патр. Евфимием “добрые терновские изводы” разошлись не только по Болгарии и Сербии, но были принесены и в Россию.

В 1393-98 гг. Болгария пала под оружием османских турок, еще раньше утвердившихся на Балканах, а вместе с ней окончилось и существование терновского патриархата. Последний патриарх Евфимий, после взятия Тернова, был изгнан из своей соборной церкви, обращенной турками в мечеть, а затем в скором времени сослан в заточение. Патриархия, стараниями греков, была закрыта е все ее епархии подчинены константинопольскому патриарху. Охридская же архиепископия, ставши греческой, осталась автокефальной как до падения Византийской империи (1453 г.), так и после ее падения. Только в 18 веке патриарху Самуилу 1му удалось (1767 г). подчинить ее своей власти.

Греки, страдая сами от турок, не стеснялись увеличивать страдания болгар. Они отняли у них национальную иерархию. Греки епископы, преследуя свои интересы, делали все, чтобы только подавить болгарскую народность, не говоря уже о поборах и вымогательствах. Испытывая двойной гнет, и не имея своего объединяющего центра, которым мог быть терновский патриарх, болгары в течение 400-летнего рабства стали утрачивать свое национальное сознание. Некоторые принимали мусульманство и примыкали к туркам. Некоторые, главным образом в городах, усваивали греческую народность и её язык. Богослужение в городах и многих сёлах совершалось на греческом языке. Болгарской письменности почти не существовало. Известны только некоторые труды болгар. В 1762 г. хиландарский монах Паисий, родом болгарин из Самокова, написал: “История славяноболгарска о народах, и о царях, и о святых болгарских,” в которой приводятся из тьмы забвения факты минувшей славы болгарского народа, как предмет достойный памяти и подражания. Ученик Паисия, Софроний, еп. Врачанский (1815 г.), издал на новоболгарском языке: “Собрание поучений, переведенный со старославянского и греческого языка” (Кириако-дромион, Рымник 1806 г.), которая тоже указывала на живучесть болгарской народной речи, заслужившей внимание и сочувствие своего народа (Прав. Богослов. Энциклопедия). Среди деревенских жителей сохранялась еще болгарская национальность, но вследствие забитости и притеснений со всех сторон национальное сознание у них было слабо.

В 19 веке христианские народности, подвластные Турции, мало по малу, при содействии России, начали приобретать себе политическую и религиозную независимость. Началось движение в пользу национального возрождения, затронувшее и церковный быт. После “гатти-гумаюна” 1856 г. болгары, основываясь на нем, просили о назначении епархиальным архиереям определенного жалования, взамен тех податей и поборов, которыми их облагали архиереи-греки. Правительство передало это дело константинопольской патриархии, которая отказала болгарам в их просьбе. Не имела успеха и просьба болгар иметь им архиереев болгар по выбору патриархии. После этого раздраженные болгары решили формально отложиться от константинопольского патриарха.

В 1860 г., 3 апреля, в первый день Пасхи, во время торжественного богослужения в церкви при болгарском подворье, депутаты и болгары, проживавшие в Константинополе, запретили еп. Илариону (из огречившихся болгар, не принявшему сторону болгарской народности), возношение при богослужении имени константинопольского патриарха. С этого времени и началась греко-болгарская распря. В самой Болгарии часть епископов из болгарских уроженцев также примкнули к национально-церковному движению. Архиереи же греки удалились из епархий и лишились власти. Турецкое правительство отправило епископов, отложившихся от патриарха, в ссылку в Малую Азию, откуда они через некоторое время были возвращены.

Между тем переговоры и совещания между правительством, патриархией и болгарскими депутатами об устройстве церковных дел в Болгарии не прекращались. Патриархия, мечтая о возобновлении Византийской империи, желала сохранить для нее болгар, чего не могло быть при получении ими политической и религиозной самостоятельности. В 1867 г. патр. Григорий 6-ой решился было сделать важную уступку болгарам устройством болгарского экзархата, под иерархической властью константинопольского патриарха, (куда бы вошли 13 епархий). Болгары требовали автокефального управления для всех болгарских епархий. Крайние эллинические тенденции греческих представителей при переговорах затрудняли попытки патр. Григория, но продолжал и дальше искать пути к примирению. Полная неудача в этом, заставила его покинуть патриарший престол. Преемником его был 82-летний старей Анфим 6-ой, который при своем избрании обещал привести к соглашению обе православные народности. Но его принудили подчиниться крайним поборникам эллинизма, не соглашавшимся на церковную независимость болгар.

Турецкое правительство решило само покончить с этим спором. В 1870 г., 27 февраля, издан был султаном фирман об устройстве церковных дел в Болгарии. Было предложено устроить самостоятельный экзархат для всех болгарских епархий; смешанные епархии могли к нему присоединиться, если две трети этого пожелают. Патриархия этого фирмана не приняла. Болгары же, с разрешения турецкого правительства, в 1872 г. торжественно провозгласили независимость болгарской церкви от константинопольского патриарха. Первым экзархом был избран виддинский митрополит Анфим, родом болгарин, но получивший греческое образование и прежде состоявший в греческой партии. 2 апреля он получил от турок берат.

Патр. Анфим 6-ой не согласился на церковную независимость болгар. Созванный им в 1878 г. собор предал отлучению как болгарского экзарха и епископов, так и всех имеющих с ними общение. На этом соборе, провозгласившем болгарскую “схизму,” присутствовали патриархи константинопольский, Александрийский и Антиохийский. Иерусалимский патриарх Кирилл оставил соборные заседания и отбыл в Иерусалим.

Болгарский же экзархат все же организовался и в 1873 г. состоял уже из 15 митрополий, не считая епископий. Во время русско-турецкой войны, болгарский экзарх Анфим был низложен турками и заточен. После окончания войны он был возвращен и занял снова свою виддинскую кафедру, скончавшись в 1889 г. Экзархом еще в 1877 г. был назначен ловчанский митрополит Иосиф. После войны Болгария получила и политическую независимость.

По “экзархийскому уставу” 1895 г. высшей духовной властью болгарской Церкви был Св. Синод, состоявший из экзарха и присутствующих членов. В отсутствие экзарха, председательствует назначенный им заместитель из членов Синода. Члена Синода могут быть все епархиальные архиереи. Но при невозможности всем им присутствовать они избирают только четырех.

Римская церковь намеревалась, пользуясь греко-болгарской распрей, привлечь болгар к унии. С этой целью папа учредил в Константинополе миссионерскую станцию, поручив ее монахам лазаристам (из поляков), которые должны были пользоваться всяким случаем к совращению болгар. Франция и Австрия влияли на турецкое правительство, убеждая поддержать унию. В 1860 г. уния была провозглашена в Болгарии, а в 1861 г. был посвящен Риме в сан архиепископа и апостольского наместника для болгар униатов архимандрит Иосиф Сокольский, бывший игуменом Габровского монастыря. Вскоре он раскаялся и скончался в мире с православной Церковью в Киево-Печерской лавре. Уния имела наибольший успех среди болгар в Македонии, в адрианопольском вилайете и в самом Константинополе. Католики имели две епархии — софийскую, управлявшуюся епископом в Пловдиве и никопольскую, в ведение рущуцкого епископа.

После второй мировой войны, когда советская власть стала править в Болгарии, и имела влияние на восточные патриархии, константинопольский патриарх признал независимость болгарской церкви.