Заседания собора в Ферраре начались 10 января 1438 года. В начале марта – феврале прибыли патриарх Константинопольский Иосиф II, Византийский император Иоанн VIII Палеолог с сыном Димитрием, представители восточных патриархов, некоторые из которых специально для этого рукоположены во епископы, чтобы выступать на соборе (Марк Ефесский, например).

Первые трудности на соборе были вызваны соблюдением протокола. Во-первых, патриарх и все восточное духовенство отказались целовать туфлю папы. Тогда было решено, что патриарх поцелует папу в щеку, епископы в щеку и в руку, а остальные поклонятся.

Во-вторых, пришлось уладить правила рассаживания участников собора. Выяснилось, что у католиков и православных по-разному считаются правая и левая стороны храма (у католиков – от алтаря, у православных – от входа). Решили разместить троны папы и Германского императора по правой католической стороне, а троны патриарха и Византийского императора – по правой православной стороне. Трон папы сделали повыше, но он все равно пустовал (папа отсутствовал на соборе).

Среди греков наиболее активное участие в работе собора принимали митр. Исидор Киевский, епископы Марк Ефесский и Виссарион Никейский, с западной стороны – кардинал Цезарини и еп. Торквемада (брат известного испанского инквизитора). Переговолы велись через переводчика.

Первое торжественное заседание прошло 1 апреля под председательством папы. Затем заседания отложились до осени, так как греки требовали присутствия западных монархов (никого из них не было на первом заседании). Во время этого перерыва император Иоанн VIII Палеолог находился недалеко от Феррары.

Рабочие заседания возобновились в октябре. Первым встал вопрос о допустимости внесения добавки Филиокве в Символ веры. Латинские богословы возражали, именуя эту добавку лишь необходимым пояснением, развив учение об имманентном (внутреннем) содержании Филиокве в первоначальном Символе веры. Но даже сторонник унии Виссарион с этим не согласился.

В начале 1439 г. собор переехал во Флоренцию по причине эпидемии чумы в Ферраре. Здесь продолжились обсуждения вопроса об исхождении Святого Духа. Произошло некоторое сближение во мнениях.

Католики заявили, что Римская церковь знает лишь одну причину исхождения Святого Духа, а Сын получает от Отца бытие и власть изводить Святого Духа. И Он изводит Святого Духа не от Себя, а от Того, от Кого и Сам получает бытие.

Папа Евгений IV не был этим удовлетворен, ибо первая фраза близка к восточному пониманию исхождения Святого Духа.

4 июня 1439 г. стороны подписали формулу, в которой просто одобрялась западная добавка к Символу веры, и утверждалось исхождение Святого Духа и от Отца, и от Сына как из единого Начала и Причины.

10 июня умер патриарх Иосиф II, и после его смерти в латинском духе были быстро решены и другие вопросы: о власти папы, о чистилище и др.

5 июля представители Константинопольской церкви, среди которых были Исидор Киевский и Авраамий Суздальский, подписали акт унии. Подписал его и представитель Молдавской церкви. Всего с восточной стороны было 33 подписи (с западной – меньше). Отказался подписывать лишь один Марк Ефесский. Представители других церквей (Грузинской, Абхазской и др.), не подписавшие унию, просто сбежали с собора.

В августе греки покинули Флоренцию. Евгений IV, видя, что Марк Ефесский не подписал унию, понял, что эта уния не даст эффекта.

Дальнейшие заседания Флорентийского собора были посвящены борьбе с базельской схизмой. Базельский собор был осужден. В 1439 г. были провозглашены новые кардиналы: Виссарион Никейский и Исидор Киевский.

Папа Евгений IV выполнил свое обещание и организовал крестовый поход против турок. Но войска были разбиты под Никеей в 1448 г., а Константинополь взят турками, и проблема унии для Востока потеряла смысл.