Фактически Орден Иезуитов начал действовать с 1543 года, а устав его был принят в 1540 году. Иезуиты в борьбе с реформаторами использовали и политические средства. В это время велась и вооруженная борьба католиков с протестантами.

Во Франции, например, шла борьба с гугенотами (кальвинистами), апогеем которой явилась Варфоломеевская ночь 1572 г., когда при короле Карле IX за одну ночь было убито около 30 000 человек во Франции. Сам Карл IX стрелял из окна в гугенотов, тогда как католики носили опознавательные кресты. Последствия этой трагедии вылились в 30-летнюю войну 1618-1648 гг., в которой принимала участие почти вся Европа, разделившаяся на католиков и протестантов .

На этот тяжелый период приходится организация конгрегации инквизиции (1542 г.) и конгрегации индекса (1571 г.). Тем не менее, реформация отторгла от католического мира ряд стран. Эти потери и стремились компенсировать иезуиты усилением миссионерской деятельности в Азии, Африке, Южной Америке. В 1596 г. при содействии иезуитов была заключена Брест-Литовская уния.

Велась борьба с реформистскими течениями и в самой РКЦ. Наибольшую заботу доставляли два течения.

Первое – галликанство – за автономию и внутреннюю независимость Французской церкви от Рима, поддерживаемое Французским королем. В 1682 г. была провозглашена независимость Французской церкви от папы и подчинение ее королю (при Людовике XIV). Но в результате энергичных протестов папы и ряда его уступок через 10 лет король отказался от декларации (Людовик много воевал, нужны были средства, и папа отдал ему налоги курии из Франции).

Другое течение – янсенизм – богословское течение, получившее название от имени голландского епископа Янсения (конец XVI – начало XVII вв.). Главное сочинения Янсения Августин было опубликовано после его смерти. В нем Янсений до крайности развивал сотериологию Бладенного Августина, почти до безусловного предопределения минимизировал значимость человеческих усилий. Его книга попала в число запрещенных в 1643 г., но сторонники течения в Голландии и Франции в начале XVIII в. отделились от РКЦ (в Голландии), образовав Утрехтскую церковь, которая существует и по ныне (от них старокатолики взяли иерархию).