Стремясь к осуществлению теократических планов папы Григория 7-го, позднейшие папы вступили в борьбу с государями за верховное господство церкви над государством. Так Иннокентий 2-ой (1130-43) начал открыто заявлять, что императоры свое достоинство получают как лен от папы. То же объявил папа Адриан 4-ый (1154-59) в письме к императору Фридриху 1-му Барбароссе (1152-90) из дома Гогенштауфенов.

По этому вопросу началась борьба пап с Гогенштауфенами, длившаяся почти столетие. Фридрих Барбаросса в 1158 г. пришел в Италию, желая ограничить притязания папы Адриана. Им был созван сейм, на котором он доказывал, что подчинению императору не исключены и епископы, и что сами папы, если пользуются светской властью, то не по божественному праву, а по распоряжению королей, давших им эту власть. При выборе вскоре преемника папы Адриана кардиналы разделились. Одни выбрали Александра 3-го (1159-81) противника императора, другие — Виктора 4-го (1159-64), его сторонника. Фридрих воспользовался этим обстоятельством, чтобы подчинить своему влиянию папство. Он созвал собор и потребовал к своему разбирательству обоих пап. Александр на собор не явился и предал отлучению Виктора и Фридриха. Император тогда изгнал из Рима Александра в 1167 г и посадил нового своего папу, Пасхалия. Александр, опираясь на ломбардские города, не сдавался. Когда дела Фридриха в Италии сложились неблагоприятно, но в 1177 г. помирился с Александром, на условиях выгодных для папы.

Преемники папы Александра не были достаточно сильны, чтобы противостоять Фридриху Барбароссе и его преемнику Генриху 6-му (1191 г.). Последний, посредством брака с Констанцией, единственной наследницей сицилийской короны, присоединил к своим владениям норманнское королевство обеих Сицилий и сделался повелителем всей Италии. Папы были сильно стеснены даже в самом Риме, где распоряжался императорский префект.

Положение изменилось со смертью в 1197 г. Генриха 5-го. Он оставил по себе малолетнего сына, Фридриха. Правительницей Сицилии стала Констанция, а в Германии князья решил выбрать нового императора. На папский престол вступил Иннокентий 3-ий (1198-1216), один из выдающихся политиков своего времени. Он поставил себе задачей осуществить во всей полноте теократические планы папы Григория 7-го и успел, поставить папство на такую высоту, на которую оно ни прежде, ни потом не восходило. По вступлении на престол он заставил присягнуть себе префекта Рима, назначенного императором, и этим уничтожил императорскую власть над Римом. Сделав тоже в других городах церковной области, Иннокентий образовал самостоятельное папское государство. Восстановив против императорской власти остальные италианские города, обеспечив себе их поддержку, папа взялся за Сицилию. Удачно для него было то, что Констанция сама просила Иннокентия утвердить за ней и ее сыном, Фридрихом, владение Сицилией, как леном папского престола. Перед смертью (1198 г). Констанция завещала папе опеку над сыном. Иннокентий управлял Сицилией. В Германии в это время шла борьба за императорских престол, и оба претендента обратились за помощью к папе. Иннокентий возложил корону в 1209 г. на Оттона Саксонского. Получив ее в Риме, Оттон нарушил свое обещание охранять все права папы и расширить его владения в Италии. Он объявил многие из папских владений императорскими ленами и напал на Сицилию. Тогда Иннокентий 3-ий отлучил Оттона от церкви (1210 г). и объявил лишенным императорского достоинства. Папа предложил германским князьям избрать императором своего воспитанника Фридриха 2-го, который и стал императором.

Иннокентий 3-й проявил свою власть и во Франции, в Португалии и в Англии. В последней ему пришлось выдержать борьбу с английским королем Иоанном Безземельным. Король не пожелал в 1207 г. принять кардинала Стефана Лангтона, назначенного папой архиепископом кентенберийским. В итоге борьбы папа отлучил в 1209 г. Иоанна и затем лишил в 1212 г. престола. Короля народ не любил за жестокость. Начались в Англии восстания. Иоанн смирился, принял Лангтона и признал даже себя ленником папы, с обязательством уплачивать ему ленную подать.

При Иннокентии создалась Латинская империя и власть его, и влияние распространилось в значительной части Востока. Свое блестящее управление Иннокентий заключил четвертым латеранским собором (1215 г.), на котором кроме множества епископов, аббатов, приоров, присутствовали многие из государей западной Европы.

После смерти Иннокентия императорская власть опять взяла перевес над папством. Фридрих 2-ой начал постепенно восстанавливать свою власть в Италии. Он не отделял, как хотел Иннокейтий, сицилийской короны от германской. Второй преемник Иннокентия, папа Григорий 9-ый (1227-42), пытался удалить Фридриха из Италии и требовал выполнения обещания крестового похода. Фридрих двинулся в Палестину, но вскоре вернулся, т.к. в его войсках начались болезни. Папа предал его отлучению за непослушание. Фридрих, не обращая на это внимания, без разрешения папы, совершил в 1228 г. пятый крестовый поход, временно отобрал от турок Иерусалим и возложил на себя иерусалимскую корону, вследствие бракосочетания с Иолантой, наследнице иерусалимского королевства. По возвращении в 1229 г., Фридрих помирился временно с папой, недовольным и его успехами и возвращением. Вскоре началась страшная вражда между обоими. Фридрих стал отбирать папские владения. Григорий 9-ий в 1239 г. снова предал его отлучению. Фридрих отправил послание к князьям и кардиналам, в котором называл Григория врагом всех государей и обещал вскоре освободить всех от папской тирании. Папа в ответ послал им всем свое послание, в котором выставлял Фридриха неверующим. Император подступил к Риму в 1240 г. Папа назначил тогда собор на 1241 г., рассчитывая на французских епископов, как не подчиненных Фридриху. Последний забрал ехавших из Франции епископов в плен. Заняв Рим, он пленил и папу, который не выдержал такого гнета и скончался в 1241 г. Преемник его Целестин 4-ый прожил всего три недели после избрания. Два года престол оставался незанятым по случаю раздора между кардиналами. В 1243 г. папой был избран Иннокейтий 4-ый (1243-54), который продолжал борьбу с Фридрихом. Папа, удалившись в Лион, собрал там собор в 1245 г., проклял на нем Фридриха, как еретика и святотатца, и объявил его лишенным престола, предложив германцам и сицилийцам выбрать нового государя. Среди борьбы с Иннокентием 4-ым, Фридрих 2-ой умер в 1250 г. Иннокентий, узнав об этом, с восторгом объявил об его смерти всему миру, как о событии радостном для неба и земли.

Дети Фридриха, Конрад 4-ый и Манфред, занялись упрочнением императорской власти, первый — в Германии, второй — в Неаполе и Сицилии. Конрад скоре умер, оставив сына Конрадина. Как Иннокентий, так и его преемники, вели борьбу с Гогенштауфенами. Для вытеснения их из Неаполя и Сицилии, папы противоставили им французского принца Карла Анжуйского, который, по их приглашению, явился в Италию с крестоносным ополчением. В этой борьбе Манфред был убит в сражении, а Конрадин, взятый в плен был казнен Карлом в Неаполе (1268 г.), не без ведома папы Климента 4-го (1265-68.).