Имущества церквей, движимые и недвижимые, в описываемую эпоху подвергались значительному сокращению. С одной стороны, сами императоры для поправления государственных доходов или из корыстолюбия, захватывали церковные имущества, с другой завоеватели — турки и крестоносцы отнимали у церквей их достояние. Так еще в 10-м веке император Никифор Фока, из корыстолюбия, присвоил себе некоторые церковные земли и запретил законом делать духовные завещания в пользу церквей. Того же домогался во второй половине 11-го века Исаак Комнин (1057-59 г). для поправления расстроенных финансов государства, но встретил сильное противодействие со стороны тогдашнего патриарха Михаила Керуллария. В 12-м веке Мануил Комнин (1143-80 г). вновь поднял вопрос о недвижимых церковных имуществах и повторил закон Никифора Фоки против их увеличения. Еще смелее и бесцеремоннее обращались императоры с движимой церковной собственностью, именно с церковными драгоценностями, так как их скорее и удобнее было обратить в ценные знаки. Император Алексей Комнин (1081-1118 г.), приготовляясь к войне с Робертом Гюискаром, взял из церквей золотые и серебряные оклады с икон и обратил их в деньги, несмотря на недовольство духовенства и ропот народа. А император Исаак Ангел (1185-1204 г). в первое свое правление допустил настоящее святотатство. Он, по свидетельству историка (Никиты Хониата), брал из церквей священные сосуды и употреблял их за собственным столом, снимал оклады с крестов и Евангелий и делал из них для себя ожерелья и цепи и прочие украшения. В оправдание своего святотатства он утверждал, что царям позволительно все делать, и что между Богом и императором в управлении земными делами отнюдь нет несоединимого и неощутимого расстояния. Тот же Исаак со своим сыном, царевичем Алексеем, окончательно ограбил все церковные драгоценности, для уплаты крестоносцам 4-го похода (за возвращение ему престола). С завоеванием же Константинополя крестоносцами в 13-м веке, все движимые и недвижимые имущества были присвоены латинянами. То же было и в других восточных патриархатах, где имущество было отнято сначала турками, и потом латинянами при крестоносцах. После отнятия у латинян Константинополя, недвижимые имущества церкви были возвращены, по крайней мере, некоторые. Император Михаил Палеолог тогда даровал церкви доходы, приписал к ней некоторые сёла, а другие жаловал в пользу священнослужителей. В других же патриархатах, после падения на востоке государств, основанных крестоносцами, церковные имущества перешли опять к туркам. У церквей остались одни здания, которые тоже иногда подвергались разрушению и грабежу со стороны турок.

При сокращении и отнятии недвижимых церковных имуществ, духовенство лишалось основного источника своих доходов. Даже в константинопольской церкви имений осталось так мало, и они были так разорены, что доходов от них не хватало на содержание патриарха и его клира. В 14-м веке, при патриархе Гликисе, в синоде два раза обсуждался вопрос об оказании материальной помощи константинопольской церкви со стороны починенных патриарху епархий. В 1324 году синод, действительно, обложил епархии ежегодными податями в пользу патриарха. Вообще же в то время единственным источником содержания духовенства были сборы за совершение церковных треб и пожертвования в пользу клириков. Количество этих сборов зависело от расположения и усердия православных христиан. В константинопольской церкви эти доходы собирал и хранил великий скевофилакс. Затем, ежемесячные доходы распределялись между клириками, сообразно должности каждого. Так лица, принадлежавшие к первой пятерице, а также протопопа (из шестой пятирицы) получали двойную часть; принадлежащие ко второй пятерице — полторы части, к третьей — одну часть с четвертью; прочие же клирики получали по одной части.