Ужасные бедствия, постигшие патриархию и духовенство, прекратились с окончанием восстания. Но иерархические неустройства продолжались. Перемены наступили только в 1856 г., когда султаном был издан знаменитый гатти-гумаюн, обещавший христианам реформы. Предполагались в нем и улучшения в иерархическом строе Церкви. Вследствие этого в 1858 г. была образована временная комиссия из духовных и светских лиц для составления лучших правил избрания патриарха, прочих иерархов и способа образования Синода. Комиссией были выработаны следующие правила. Избирательное собрание должно было состоять из всех митрополитов Синода и всех других, находящихся во время избрания в Константинополе, и из мирян: великого логофета и двух важных чиновников патриаршего двора, членов смешанного при патриархе совета (из духовных и светских лиц), несколько важных гражданских и военных чиновников (из христиан), представителей от ученой корпорации, от купечества, цехов, светских представителей от всех епархий и проч. Всего от мирян более 60 человек.

К назначенному для избрания дню все присутствующие митрополиты представляют в собрание запечатанные пакеты с обозначением кандидатов на патриаршество. Такие же пакеты присылают митрополиты, находящиеся в епархиях. По вскрытии пакетов, имена всех указанных кандидатов вносят в особый список. При этом избиратели имеют право представлять своих кандидатов, если в пользу последних будет третья часть духовных членов собрания. Заготовленный список представляется правительству, которое имеет право устранить от избрания неугодных ему лиц, о чем и извещает собрание в 24 часа. Затем начинается избрание. Сначала все избирают тайной подачей голосов троих из кандидатов. Потом из этих троих одни митрополиты и епископы избирают также тайной подачей одного, который и объявляется патриархом. Об избранном немедленно доносится султану, который должен непременно утвердить его. Султан лично принимает нового патриарха. Этими правилами совершенно устранилось влияние турок на избрание патриарха, оставалось только право отвода неугодных им кандидатов. Этими правилами ослаблялись происки синодальных архиереев при избрании патриарха, т.к. в избрании принимали участие не только отсутствующие митрополиты, но и многие миряне.

Новые правила избрания были введены в 1860 г. В этом году отказался от кафедры патр. Кирилл 7-ой (1855-60). Синод, по утверждении правительством правил, произвел выборы нового патриарха. Избран был Иоаким 2-ой (1860-63). Преемником его стал Сафроний 3-ий (1863-67), Григорий 6-ой (1867-71), Анфим 6-ой (1871-73), Иоаким 2-ой (вторично по 1878 г.), Иоаким 3-ий (1878-84). Все они были избраны по новым правилам. Таким образом, теперь избрание патриарха есть дело духовенства и мирян, и является избранием церковно-народным. Права и преимущества патриарха остались те же. Изменилась только форма правления патриаршей власти.

Церковные имущества, в значительном числе отошедшие от Церкви еще при императорах, были окончательно отняты турками. Единственным источником содержания духовенства остались сборы за совершение церковных треб. Но высшее духовенство по своему положению не могло пользоваться этим источником доходов. Пришлось прибегнуть к установлению пошлин и приношений в пользу высшего духовенства. Так, на содержание патриархии установились ставленные пошлины с митрополитов и епископов при их посвящении. Кроме того, были установлены пошлины с епископов в патриархию по епархиальным делам, приношения епископов новому патриарху при его посвящении, ежегодные сборы на его содержание; пошлины от духовных завещаний православных, умерших в Константинополе и засвидетельствованных патриархом; пошлины от имущественных исков, разбираемых патриархом. Сверх того в пользу патриарха поступало имущество умерших митрополитов и епископов, не отказавших его никому по завещанию.

На содержание епархиальных архиереев также были установлены пошлины с низшего духовенства, ежегодные сборы с церквей и духовенства при объезде ими епархий, приношения от духовенства при назначении на епархию, сборы с мирян, получающих наследство. Размеры всего этого были различны. На островах, где население зажиточнее и средства для духовенства были значительнее. Вообще же средства содержания духовенства ограничены, вследствие бедности православного населения. Особенно ограничены возможности несшего духовенства. Часто оно вынуждалось изыскивать средства существования на стороне — в занятиях ремеслами, торговлей, и пр., что естественно вредно отзывалось на его пастырском служении.