Протестантское вероучение страдало существенным недостатком. Предоставленное произвольному пониманию богословов-профессоров различных университетов, при отсутствии авторитета иерархии и Предания, оно полностью зависело от их изменчивых взглядов, и потому не имела ни определенности ни единства даже в основных пунктах. Этот недостаток выяснился для самих протестантов во время борьбы с католиками, и потому у них очень рано явилось стремление поставить свое вероучение в определенные формы, обязательные для всех.

В лютеранстве это было сделано в 1580 г. при посредстве формулы конкордии, составленной немецкими богословами и сделавшейся символической книгой лютеран. После этого протестантское учение стало развиваться только в пределах конкордии и в строго-лютеранском духе. Это направление стало господствующим в 17 ст., и известно под именем лютеранской ортодоксии. Оно характерно безусловным признанием истинности всего вероучения, заключенного в исповедных формулах, и стремлением оградить его неприкосновенность при помощи науки. В результате у лютеран появилось большое количество более или менее научно обработанных богословских систем.

Лучшим богословом ортодоксального направления признается Иоанн Гергард (ум. 1637 г.). Но ортодоксия немецких богословов скоро впала в односторонность. Подобно средневековым схоластикам, их системы обращали внимание не на сущность вероучения, а на его постановку, и таким образом они возобновили старое схоластическое направление. Основой его были диалектические тонкости разъяснения религиозных понятий и подбор подходящий текстов св. Писания для подтверждения истин излагаемой веры. Проповеди их пасторов обратились в сухие учено-полемические рассуждения о теоретических истинах веры, а нравственная сторона вероучения в них не имела места. Крайними представителями схоластического направления были богословы Калов, Квейштейн, и другие.

Недовольство односторонним направлением ортодоксов вызвало появление другого направления — пиэтизма. Первым его представителем был лютеранский проповедник Иаков Шпенер (1635-1705). Восставая против безжизненного направления ортодоксального богословия, он утверждал, что сущность христианства заключается в живой сердечной вере, в сопровождении благочестивой настроенностью души и нравственной жизнью. Мысли Шпенера нашли сочувствие в среде молодых богословов Лейпцигского университета, из которых особенно выдавался Август Франке (ум 1727 г.). Отказавшись от сухого богословия ортодоксальных профессоров, они в 1686 г. образовали свой богословский кружок, посвятивший себя изучению Св. Писания с целью нравственного назидания.

Лейпцигские ортодоксы, назвавшие направление кружка пиэтизмом, подвергли его преследованию и вытеснили его из Лейпцига. Пиетисты нашли приют во вновь открытом в 1694 г. Галльском университете, где Франке сделался профессором, и упрочили здесь свое направление. Из Галле пиэтизм перешел в другие местности Германии и имел много последователей. Пиэтисты обращали свое внимание на нравственно-назидательное изъяснение Св. Писания. Важное значение придавали они проповеди, настаивая, чтобы проповедники сами были проникнуты духом библейского благочестия. Постепенно искреннее благочестие пиэтистов сменилась только внешней набожностью и чувствительными фразами, вследствии чего это направление ослабело.

В 18-ом веке обнаружилось в лютеранстве новое направление, отличавшееся безразличием к этому вероучению. Оно известно под названием супранатурализма. Но еще большее разъединение произвел рационализм (вторая половина 18 в.). Предоставив разуму решающее значение в деле веры, рационализм дошел до отрицания не только лютеранского вероучения, но и самого Откровения. Это направление было господствующим в лютеранском богословии в конце 18-го и начале 19-го столетий.

Внутреннего разъединения не избежали и реформатские общества, а также англиканская церковь. Строгое реформатство, утвержденное на всеобщем синоде в Дортрехте (1618-19), подвергалось постоянным колебаниям под влиянием арминианства, а потом рационализма. Последний является преобладающим в реформаторском богословии и в настоящее время. Англиканская епископальная церковь, как образовавшаяся из смеси католичества с протестантством, неминуемо должна была испытать церковное разъединение. Кроме отделившихся от нее пуритан и индепендентов, в ней еще в 17-ом и 18-ом веках образовались еще три партии, под названиями высокой, низкой и широкой церкви. Высокая церковь относилась с уважением только тому, что было удержано в англиканстве от католичества. Низкая церковь склонялась к чисто протестантским началам, а широкая, допускавшая рационалистические воззрения, заняла среднее примиряющее положение между первыми двумя. Эти партии существуют и в настоящее время. Из партии, называемой высокой церковью, выходили стремления к соединению с православной церковью.