Греческая епархия до начала восстания 1821 г. была подчинена константинопольскому патриарху. Со времени восстания сношения с патриархией стали весьма затруднительными и по необходимости прекратились. В это смутное время каждый греческий епископ управлял своей епархией сам по себе, хотя в 1822 г. в Аргосе, для высшего ведения церковными делами был назначен церковный министр. Но независимость от константинопольского патриарха тогда не объявлялась. С 1830 г. начались с ним сношения, почином этому послужило письмо патр. Кнстанция 1-го к президенту Каподистрия. Но начавшаяся в юной республике борьба партий, жертвой которой стал Каподистрия, остановила дело. В Афинах стали подумывать о самостоятельном управлении.

Когда прибыл король Оттон, этот вопрос был поставлен в первую очередь новым правительством. Комиссия из трех духовных и четырех мирян пришла к заключению о необходимости иметь самостоятельную церковь в независимом государстве, для чего и создать синод. Правительство сочувствовало такому решению и передало вопрос на рассмотрение собора иерархов. Последние выразило согласие с разработанным проектом, с некоторыми замечаниями относительно участия королевской власти в церковных делах. Правительство торжественно обнародовало регламент об устройстве эллинской Церкви, которая была объявлена автокефальной и независимой. Первый член регламента гласил: “Православная, восточная, апостольская церковь королевства Греческого, духовно не признающая иной главы, кроме Основателя христианской веры, Господа и Спасителя нашего Иисуса Христа, по правительственной же доле имеющего своим начальником короля Греции, автокефальна и независима от всякой другой власти, при нерушимом сохранении догматического единства во всем, издревле чтимом всеми православными восточными церквами.” Член второй: “Верховная церковная власть находится, под верховным надзором короля, в руках постоянного Синода, называющегося священным Синодом Греческого королевства.” Король привез с собой баварцев, которые играли большую роль в его правительстве. Они поставили Синод в полную зависимость от гражданской власти. На практике оказалось, что Синод не мог постановить ни одного определения без разрешения правительства. Многие епископы и миряне с самого начала считали, что правительство поступило не канонично, объявив самостоятельность Церкви без ведома и согласия константинопольского патриарха. После обнародования положения о Церкви недовольные выступили с открытыми протестами; правительство стало принимать против них строгие меры.

Константинопольский патриарх признал не каноничным провозглашение без его согласия самостоятельности Церкви. Когда в 1841 г. Синод обратился к нему по одному вопросу, он вернул пакет нераспечатанным, сказав, что не знает никакого самовластного Синода в православном греческом государстве. Попытка Синода и правительства косвенным образом получить в 1849 г. признание от патриарха также была неудачна.

Эллинское правительство тогда решило войти в прямые сношение с патриархом. В 1860 г. оно просило его признать Синод во Христе братом и благословить дело благочестивого греческого народа. В 1859 г. патр. Анфим 4-ый созвал собор для рассмотрения этого вопроса. Патриарх и члены собора выразили радостное чувство по поводу старания элладской епархии войти (после 17 лет вне церковного союза) в общение со своим законным предстоятелем. Было подвержено право константинопольского патриарха давать самостоятельность церквам, ему принадлежащим. Эллинская Церковь была провозглашена автокефальной, подобно прочим автокефальным церквам, под управленьем своего постоянного Синода, состоящего из архиереев. Собором было указано, в разрез с регламентом греческого правительства 1833 г., что Синод должен управлять церковными делами по священным правилам, свободно и беспрепятственно от всякого мирского вмешательства. О состоявшемся решение патр. Анфим известил восточных патриархов и русский Синод.

Эллинское правительство в 1852 г. издало новый регламент, по которому Синод состоит из пяти членов архиереев, из которых один — обязательно митрополит афинский — является председателем и присутствует постоянно. Остальные члены присутствуют временно, назначаемые правительством по порядку старшинства. Представителем государственной власти в Синоде является, назначаемый королем, прокурор, который подписывается под решениями Синода. Ведению Синода подлежали дела внутренние и внешние. Дела внутренние — наблюдение за верностью догматов, распоряжения о богослужениях, наблюдение за исполнением клириками своих обязанностей и церковной дисциплиной, освящение храмов, заботы об религиозном обучении народа, насколько это касается государственных законов и т.д. Дела внешние — определения, относящиеся к церковным обрядам процессий и проч., распоряжения о духовно-учебных заведениях, благотворительных и исправительных учреждений, назначенных для клириков и т.д. Дела первого рода Синод разрешает независимо от гражданской власти, дела же второго рода, как имеющие отношение к государству, с утверждения правительства.