Инквизиторы, провизоры и епископы на протяжении всего колониального периода конфликтовали между собой за исключительное право судить индейцев. В XVIII в. инквизиторы доказывали, что индейцы давно созрели для того, чтобы на них была распространена юрисдикция святой службы . Инквизиторы утверждали также, что многие метисы ( китайцы , как их именуют в церковных документах) выдают себя за индейцев и тем самым избегают заслуженной кары. В 1766 г. по распоряжению Верховного совета по делам Индий инквизиция получила право судить индейцев – двоеженцев и многоженцев.

Негры-рабы не вызывали особого интереса у инквизиции. Рабовладельцев интересовало, как получить максимальную прибыль на вложенный в покупку раба капитал, а вовсе не то, является ли он отступником от католической веры. В тех случаях, когда раб отказывался повиноваться воле своего хозяина, в роли инквизитора выступали сам рабовладелец и его надсмотрщики, подвергавшие раба различным наказаниям. Если инквизиторам было запрещено, по крайней мере, формально проливать кровь своих жертв, то рабовладельцев в этом плане закон не ограничивал и непослушных рабов они секли плетьми, калечили, предавали мучительнейшим способам смерти.

Мало интересовали колониальную инквизицию и свободные негры, мулаты и самбо (потомки негров и индейцев), ибо их, как и индейцев, можно было всех без исключения при желании отправить на кемадеро по обвинению в колдовских практиках, веру в чары и предзнаменования и прочих отклонениях от истинной христианской веры. Но что толку? Ведь большинство из них были ремесленниками или слугами тех же испанцев, в том числе и инквизиторов, которые без их услуг вряд ли могли бы обойтись. К тому же у них не было состояния, которым могла бы воспользоваться инквизиция. Правда, инквизиторы, когда под рукой не оказывалось жертв побогаче, не брезговали и ими, но, как правило, в таких случаях ограничивались сравнительно мягкими наказаниями – поркой или ссылкой на галеры. Например, 16 апреля 1646 г. за пакт с дьяволом был публично выпорот на аутодафе в Мехико 43-летний самбо Франсиско Родригес. Он признался, что на 9 лет продал душу дьяволу, который в награду наделил его способностью драться с тысячью людьми, пользоваться всеми женщинами по своему желанию, переноситься по воздуху ночью из одного места в другое независимо от расстояния, участвовать в боях с быками и укрощать лошадей, не рискуя попасть быку на рога или сломать себе шею. Родригес признался и в прочих омерзительных и серьезнейших действиях, недостойных описания, дабы не оскорбить слуха католиков . И за все это он получил только 200 ударов розгами, которые принял с зеленой свечкой в руках и с петлей на шее (Picon-Salas M. De la Conquista a la Idependencia. Tres siglos de Historia Cultural Hispano-Americana. Mexico – Buenos Aires, 1944). Действительно, колониальная инквизиция была милостивой , в Испании таких преступников бросали в костер.

Начальная инквизиция использовалась также как инструмент политического террора. В 20-х годах XVI в. в Мексике инквизиторы преследовали, выполняя, по-видимому, тайные инструкции королевского двора, доверенных людей завоевателя Эрнана Кортеса, что должно было ослабить его позиции, сделать его более податливым и сговорчивым по отношению к Мадриду. Так, иквизитор Бетансос привлек к ответственности 15 конкистадоров из окружения Эрнана Кортеса по обвинению в кощунстве (ругательствах в адрес бога и святых). Такое обвинение было легко доказано, так как лихие конкистадоры отнюдь не отличались приличными манерами . Обвиняемые признались в своих преступлениях и отделались уплатой денежных штрафов.