Когда св. Мартин занял кафедру св. Петра после Папы Феодора (649), положение Церкви, особенно на Востоке, было плачевное. Вследствие определенного на Халкидонском Соборе православного учения Католической Церкви о двух естествах и одном лице в Иисусе Христе, на Востоке произошло глубокое разделение. Так как эллинизм народностей, входивших в состав Византийской империи, был чисто внешний, то каждая этническая группа торопилась, дабы избавиться от политической гегемонии Византии, обеспечить за собой независимость хотя бы в области церковной.

Успех несторианства в Месопотамии создал Халдейскую Церковь, проникшую в Персию вплоть до Индии. Распространение монофизитства родило Коптскую Церковь в Египте, Абиссинскую Церковь в Эфиопии, Иаковитскую Церковь в Сирии и Армянскую Церковь в Средней Азии. Монофелитству же обязана своим существованием Маронитская Церковь в Ливане.

В силу этих условий монофелитство показалось Константинопольским императорам и Патриархам средством удержать под законами империи и под своей юрисдикцией ускользающих от их власти монофизитов. Сохраняя оба естества во Христе, они одновременно прибегли к ловкой сделке, уступив им, что в этих двух естествах действовала одна воля, разрушая тем самым цельность одного из естеств. С этой-то ересью пришлось бороться св. Мартину. Ее главными распространителями были один за другим три Патриарха Константинопольских: Павел, Сергий и Пирр, Александрийский Патриарх Кир, Феодор епископ Фаранский и императоры Гераклий (610 — 641) и Констанс (641 — 668).

Впервые появилось монофелитство в указе императора Гераклия, обнародованном в 638 г. под названием Эктезиса ( Изложения ) и тайно составленном Константинопольским Патриархом Сергием. Указ этот от начала и до конца богословский трактат. Он запрещает проповедь о двух естествах во Христе, но разрешает признавать в Нем лишь одну волю. Тогда как Сергий, а за ним Пирр и Павел старались распространить этот указ, Римские Папы не только отказались его подписать, но даже произнесли ему анафему. Точно также спустя 10 лет Патриарх Павел сделал вид, что он уступает, а сам, между тем, издал указ, обнародованный императором Констансом в 648 г. под названием Типос ( Образец ), в котором запрещался всякий спор о едином естестве или единой воле, так же как и о двух природах и двух волях. Истину заглушало молчание. Тогда и явился Мартин.

Скоро после своего избрания на Папский Престол, зная через своего апокрисиария о положении дел в Константинополе, где до своего избрания в Папы, он сам исправлял должность апокрисиария, и в силу просьбы оставшихся верными православию на Востоке, и видевших спасение для православной веры в авторитете преемника Петра, он созвал в 649 г. в Риме Латеранский Собор, на котором присутствовали 105 епископов. На Собор были введены, по их просьбе, 37 аббатов, восточных священников и монахов, проживавших в Риме. Во главе их был Иоанн, настоятель Лавры св. Саввы в Иерусалиме, Феодор, настоятель греческой Лавры св. Саввы в Африке, Фалассий, настоятель армянского монастыря св. Рената в Риме и Георгий, настоятель Киликийского монастыря в Риме. Среди епископов были и восточные, например, Стефан Дорский. Однажды во время своей борьбы с монофелитством св. Софроний Иерусалимский решил послать одного из своих епископов к Римскому Первосвященнику. Он свел его на Голгофу и там во имя распятого Бога умолял его поехать в Рим, доступ в который ему, Софронию, был закрыт из-за нашествия сарацин. Пройдите всю землю от края до края — сказал он ему — дойдите до Апостольского Престола, этого основания православной веры, ясно изложите пред святыми лицами этого Престола поднятые в наших краях вопросы, не переставайте их молить и умолять, доколе их божественная и апостольская мудрость не изречет всепобеждающее определение и не уничтожит на основании канонов новую ересь .

Св. Софроний в то время (640) уже умер, но епископ, которому он так говорил, и был Стефан Дорский. На втором заседании Собора он так держал речь: В силу первенства Римского Престола, Софроний, архиепископ Иерусалимский прислал меня в Рим обличить заблуждения Феодора Фаранского, Кира и Сергия и добиться их осуждения.

Софроний взял с меня обещание на Голгофе исполнить это поручение, я ему обещал и я верно держу обещанное … Восточные и я, мы повторяем просьбу Софрония, чтобы вы обрадовали весь мир провозглашением православной веры . Обращаясь к Папе, он прибавил: Я желал обличить монофелитство перед знаменитой кафедрой, начальствующей над всеми кафедрами. Я обращаюсь к божественной и верховной кафедре, дабы она совершенно излечила рану. Так поступать изначала со властью привыкла ваша кафедра вследствие своего канонического и апостольского авторитета. Очевидно, что Петр один между всеми получил ключи не только одного неба. Кроме ключей неба, которое он отверзает на счастье верных и закрывает на беду неверных, этому истинному вождю и корифею апостолов было первому дано пасти овец всей Церкви Католической … ему одному было поручено утверждать, когда они поколеблются, своих единомышленников и духовных братьев, потому что предвидение воплощенного Бога ему дало надо всеми ними священническую власть и авторитет .

Латеранский Собор издал 20 канонов против монофелитства на латинском и греческом языках. Они были впоследствии приняты шестым Вселенским Собором и их считали лучшим и яснейшим изложением православного учения Католической Церкви. Собор анафемствовал покровительствовавших монофелитству епископов Феодора Фаранского, Кира Александрийского, Сергия, Пирра и Павла Константинопольских. Эктезис, написанный Сергием и направленный Гераклием против православной веры , Типос, вдохновленный Павлом и обнародованный Констансом против Католической Церкви все они подверглись анафеме, как восстающие против Католической Церкви. Было приказано считать оправданными и восстановленными во всех своих правах всякого благочестивого и православного защитника Католической Церкви , осужденного и низложенного ими. Наконец, анафеме подвергались и те, кто враждебен этим канонам, и кто диавольским наущением кривыми путями и хитростью будут действовать против благочестивых, отеческих и соборных решений православных сынов Католической Церкви .

Все присутствовавшие епископы дали свою подпись, а Папа св. Мартин подписался следующим образом: Мартин, Божьей милостью епископ Святой Католической Церкви города Рима, как судья подписываюсь под это определение, которое утверждает православную веру и приговор над Феодором, некогда епископом Фаранским, над Киром Александрийским, Сергием Константинопольским, над Пирром и Павлом, его преемниками и их еретическими писаниями, над безбожными, ими обнародованными, Эктезисом и Типосом .

Так действовал Мартин в области учения. Чтобы утвердить его, он разослал Соборные Деяния всем епископам и императору Констансу, а верным Антиохийского и Иерусалимского Патриархатов он отдельно послал энциклику, дабы предостеречь их против еретических патриархов Антиохии и Александрии. Он объявляет еретиком и незаконным пастырем нового Иерусалимского Патриарха Сергия и поручает управление Патриархатом Иоанну Филадельфийскому, и в помощь ему дает четырех советников. Одновременно, в силу апостольской власти, данной ему Христом через Петра святейшего и корифея апостолов , он показывает, чтобы юрисдикция таким образом созданной викарной коллегии простиралась не только до пределов Иерусалимской Кафедры, но и на весь Антиохийский Патриархат.

Св. Мартину вскоре пришлось страданиями запечатлеть непреоборимую твердость, которую он проявлял в вопросах доктринальных и в деде административном, вопреки официальному противодействию Византии. Одновременно и также как он пострадал один из величайших церковных писателей, великий ученый и философ Максим Исповедник, иеромонах, авва Хрисополитанский. Он тоже смотрел на Римский Престол как на светоч Истины. Он писал: Со всех концов земли, очи всех обращены на Святую Римскую Церковь в ожидании, что она прольет на всех лучезарный свет святых догматов наших отцов. Так как со времен воплощения Слова все христианские Церкви всего мира не имели и не имеют другого столпа и утверждения кроме этой великой Церкви . В другом письме он утверждал, что единственным способом для Византийского Патриарха Пирра доказать свое православие было повиниться перед святейшим Папой Римским, т.е. перед Апостольским Престолом, получившим от Самого Воплощенного Слова и от святых Соборов власть над всеми Божьими Церквами во всем мире, а также право и власть вязать и решить всех и вся .

Таким образом, христиане всех стран собирались вокруг Римского Престола, и потому император Констанс вознамерился лишить православных самой твердой их поддержки. Он поручил своему представителю в Равенне экзарху Олимпию схватить Папу и убить его. Ему это не удалось и он сам восстал против императора с большей частью своего войска. Впоследствии враги св. Мартина, чтобы обосновать его осуждение, возвели на него ложное обвинение, будто бы он возбуждал Олимпия к восстанию. Новый экзарх Феодор Каллиопас был более ловкий и более удачливый интриган. Ему хитростью удалось завладеть Папой, посадить его на судно и тайно увезти в ночь с 18 на 19 июня 653 г. После трехмесячного плавания св. Мартин прибыл на остров Наксос, один из Цикладских островов, где он оставался в темнице целый год, перенося такие болезни и лишения, что был близок к смерти. 17 сентября 654 г. его перевезли в Константинополь, где толпа встретила его насмешками и бранью. Он был в тюрьме 93 дня, больной и умирающий от голода, прежде чем явиться перед судьями. Его обвинили в участии в восстании Олимпия, так как нужна была наличность преступления, а, между тем, византийцы были слишком проникнуты сознанием преимуществ преемника св. Петра, чтобы обвинить его в ереси. Когда председатель суда принуждал св. Мартина оправдываться, то он начал свою защитительную речь так: Когда Типос был обнародован и послан в Рим… Но префект Троил немедленно воскликнул: Ты не должен говорить о вере, а только о восстании, в котором тебя обвиняют . Мартину оставалось по примеру Христа молчать перед своими судьями. Он подвергся оскорблениям толпы: его волокли через весь город с цепью на шее и ввергли в темницу почти нагого, несмотря на суровую зиму. Все это мучительство имело единственной целью заставить Папу войти в церковное общение с Константинопольской (монофелитской) Церковью. Делайте со мной, что хотите, объявил Папа, изрубите меня на куски, как вы приказали, но я не буду никогда в общении с Константинопольской Церковью . После 85 дневного заключения в новой тюрьме, Мартин был отправлен в Херсонес, в Крым, где его лишали всего, даже хлеба. Наконец он почил 16 сентября 655 г. и был прославлен как мученик. Его тело было предано земле около Херсонеса в церкви Божьей Матери Влахернской, куда вскоре стали стекаться к его могиле паломники со всего Востока. Уже в 669 г. в их монографии о монофелитстве агиографы братья Феодосий и Феодор, иеромонахи Гангрские величали св. Мартина славными титулами: Верховнейший и апостольский Папа, председатель всей церковной иерархии, правоправящей под небесами, Папа Верховнейший и Вселенский, Папа Апостольский и корифей . Позднее, но неизвестно точно в каком году, останки его были перевезены в Рим и положены в церкви св. Мартина Турского или Милостивого. Восточная Церковь празднует его память 14 апреля и величает его величанием, которым чествует святых Пап: Что тя ныне, Мартине, провещаем?.. Верховника священных повелений божественных неложна… (стихиры). В каноне знаменитого песнопевца Иосифа († 883) читается: Украсив Петров божественный Престол и на того камени Церковь неколеблему соблюд, Мартине, с ним прославился еси. (песнь 7-я).

Приведем из этой же песни 7-й часто выпускаемое в современном славянском тексте место, которое находится в греческом оригинале: Признаем тебя за основание епископов, за столп веры православной и за наставника в духовном учении .