Индейцев принуждали носить одежду европейского типа, строить и жить в жилищах испанского образца, перенимать испанские обычаи и т. д. Для большего контроля над аборигенами их концентрировали в редукции, находившиеся под наблюдением миссионеров, которые опирались в управлении ими на старост и фискалов из числа местных жителей. Старые строения индейцев, как и их храмы, разрушались испанцами. Редукции размещались в новых местах неподалеку от испанских населенных пунктов

В конце XVI в. иезуиты получили от короля и папы разрешение принимать в свои ряды креолов, что поставило их в привилегированное положение по сравнению с другими орденами, которым это запрещалось. Креолы были влиятельной колониальной прослойкой, в руках которой сосредоточивалась крупная земельная собственность. Сближение иезуитов с этой прослойкой укрепляло позиции их ордена в колониях Америки.

Активная миссионерская и просветительская деятельность, различного рода торговые предприятия вскоре превратили иезуитский орден в один из самых влиятельных колониальных институтов, что вызывало зависть и враждебность к нему в первую очередь среди белого духовенства, которое видело в членах ор-дена своих главных соперников

Миссионеры слали в Мадрид победные реляции чуть ли не о поголовном и добровольном переходе индейцев в христианство (францисканцы утверждали, что только в Мексике они окрестили в 1540 г. 6 млн. аборигенов (Leddy Phelan J. The millennial kingdom of the franciscans in the New World. A study of the writings of Geronimo de Mendieta (1525-1604)

Иезуиты отличались от монахов других орденов также методами и формами работы, которые они переняли у своих противников, наполнив их реакционным содержанием. Гуманисты выступали за просвещение, развитие образования, отстаивали свободу научного поиска, широко используя печатный станок для пропаганды своих взглядов. Иезуиты делали то же самое: усердно развивали школы и университеты, учреждали астрономические обсерватории, журналы, газеты, подвизались в области естественных и гуманитарных наук.

В действительности иезуиты являлись не просветителями, а гасителями разума, врагами науки, прогресса. Иезуит кардинал Беллармино возглавлял папскую инквизицию, он подписал смертный приговор Джордано Бруно и стремился отправить на костер Галилео Галилея

Обращение индейского населения в католическую веру, его приобщение к испанскому образу жпзни (испанизация) представлялись участникам конкисты как одно из чудес, ниспосланных всевышним в качестве награды Испании и ее монархам за их преданность интересам папского престола и церкви. Такого же мнения придерживаются и нынешние церковные авторы.