После падения Константинополя началась латинская пропаганда в восточной Церкви. Если некоторые из византийских императоров хлопотали об унии, то это было дело их одних, прямой же пропаганды латинства они не допускали. После падения Византии латинство прибегло к самым бесчестным способам для насаждения на православном Востоке.

К концу 15 и первой половине 16 веков пропаганда была еще слаба, т.к. латинству приходилось вести борьбу с протестантизмом. Пропаганда шла только в южной части Пелопоннеса и Албании, а также на островах Средиземного моря, принадлежавших Венеции. Патр. Максим Философ в 1480 г. сносился с венецианским дожем, прося его оградить православных на о. Крите от притязаний латинского духовенства. Преемник его, Симеон, созвал в 1484 г. собор, подтвердивший, для предостережения православных, осуждение Флорентийской унии. К каким насилиям прибегала латинская пропаганда, видно из следующего: в начале 16 века олатинившийся грек, диакон Арсений, явился в пелопоннесский город Монемвасию, выгнал, с помощью венецианского правительства, православного митрополита и сам занял его место. Патр. Пахомий отлучил его от Церкви, после чего Арсений, устрашась народного волнения, бежал.

Особенной настойчивостью отличался папа Григорий XIII (1572-85). С целью пропаганды он создал в 1577 г. в Риме коллегиум специально для греческих юношей, а в 1581 г. открыл при нем церковь во имя Святителя Афанасия для совершения богослужений на греческом языке. Коллегиум имел большие средства, поэтому обучение и содержание его воспитанников было бесплатное. Поэтому он всегда был переполнен греками. От воспитанников не требовалось принятие латинства, им предоставлялась свобода веры, но все воспитание велось в католическом духе. Из-за этого часто греческие юноши оставались православными только по имени, а некоторые открыто становились униатами или католиками. По возвращении на родину они пропагандировали латинство.

С образованием в 1540 г. ордена иезуитов, Григорий XIII поручил им работу на Востоке. В 1583 г. он отправил туда иезуитскую миссию, с большими материальными средствами. При содействии посланников католических государств, иезуиты получили от турецкого правительства разрешение селиться даже в Константинополе. Как и повсюду, иезуиты обратили внимание на образование и воспитание молодежи, благотворительность, проповедь. Конечно, начались и их интриги. В 1600 г. в Константинополе (в Галате) они основали коллегиум, открывали школы, приюты, больницы, странноприимные дома и т.п. Это привлекло к иезуитам к православной части жителей. В то же время писались сочинения против восточной Церкви, издавались католические катехизисы, в Риме перепечатывались православные книги, с внесением в них латинских изменений и раздавались православным, как подлинные.

Из патриархов, боровшихся с иезуитской пропагандой, особенно замечательны константинопольский Иеремия II и Александрийский Мелетий Пигас. Своими поучениями и посланиями они старались разоблачить латинскую пропаганду. Патр. Иеремия, кроме того, на соборе в 1583 г. отверг новый календарь, т.н. григорианский, по имени папы Григория XIII. Вследствие неурядиц в патриархии после смерти (1584 г). патр. Иеремии, иезуитам удалось укрепить свои позиции. Они даже привлекли на свою сторону патр. Рафаила II (1603-07), возложившего управление митрополией на униата, через которого вел подозрительную переписку с Римом.

Но в двадцатых годах 17-го века ревностным борцом против иезуитов выступил знаменитый патриарх Кирилл Лукарис, еще по западной Руси знавший происки иезуитов. Он стал рассылать пастырские послания, в которых разоблачал латинян и призывал не иметь с ними общения. Озлобленным иезуитам удалось дважды с помощью больших денег подкупить визиря и добиться низложения Кирилла (1623 г.), а затем его ссылки. Его место получил ставленник иезуитов Григорий. Но он и его преемник Анфим продержались недолго. Посланник английского короля сообщил султану о его просьбе восстановить Кирилла (1624 г.), который опять стал продолжать свою работу против латинской пропаганды. Иезуиты пытались привлечь его на свою сторону, а когда это не удалось, снова подкупили великого визиря. Покровители Кирилла, голландский и английский посланники, поднесли визирю одинаковую с иезуитами сумму, и Кирилл остался на кафедре. Тогда иезуиты обвинили Кирилла в том, что он печатает книги, направленные против мусульманства. Типография была разрушена правительством. Начальник ее, ученый монах Метакса, спасся бегством. Кириллу пришлось укрыться в доме голландского посланника. Посланники шведский, английский и голландский потребовали от турецкого правительства расследовать дело. Оказалось, что книга, на которую указали иезуиты, была давно напечатана Кириллом в Лондоне и что в других изданиях ничего важного против мусульманства нет. Выяснилось, что иезуиты своими интригами доставляют одно беспокойство турецкому правительству. Последовало распоряжение властей об изгнании иезуитов из турецких городов. Оставили только двух иезуитов при церкви французского посланника. Но иезуитам еще несколько раз удавалось добиваться свержения Кирилла. В 1637 г. Кирилл был восстановлен в пятый раз. Злоба иезуитов на него все усиливалась. В 1638 г., в отсутствие султана Мурада IV, пришло известие, что казаки взяли Азов и уже подступают к Константинополю. Иезуиты убедили визиря, что виной этому - патриарх, призвавший казаков. Это было донесено султану, который приказал казнить Кирилла. Он был отправлен, будто бы, в ссылку, и на корабле его задушили, а тело бросили в море.

Такой же участи, по интригам иезуитов, подверглись патриархи Парфений I, брошенный в море, и Парфений III - удавленный.

Но зато следующий патр. Парфений IV (1657-60) успешно боролся с иезуитами. С разрешения правительства, он рассылал увещательные грамоты о уничтожении книги Щит веры, привезенной иезуитами из Франции. Православные публично сжигали книгу на рынках.

В 17 веке папы на помощь иезуитам стали отправлять другие ордена. В 1622 г. папа Адриан VI основал в Риме общество распространения католической веры. Оно, между прочим, должно было заботиться об устройстве миссий на Востоке. В 17 и 18 веках в турецкую империю нахлынули миссионеры-монахи различных орденов. Насаждались монастыри, школы. Шла открытая проповедь по городам и селениям, которая сопровождалась раздачей денег. Ложно утверждалось, что константинопольская Церковь находится в единении с Римской. Среди православных началось смущение, в особенности в Антиохии. По этому случаю, патриархи Кконстантинопольский Иеремия III, Антиохийский Афанасий и Иерусалимский Хрисанф были вынуждены созвать собор в Константинополе. На нем был разоблачен латинский дух пропаганды, осуждены 8 пунктов латинского лжеучения: главенство папы, опресноки, чистилище, пост в субботу, отвержение младенцев от причастия, и пр. Соборное определение на греческом и арабском языках было распространено по всему Востоку.

Латинская пропаганда за эти века имела только частичный успех. Все же за время турецкого владычества немало православных на Востоке было совращено, главным образом, в унию, основано несколько епархий, поставлены иерархи и даже патриархи. Но все это еще очень далеко от окатоличения православного Востока. Совращенные составляют небольшое количество по сравнению с общей массой православных и, по своему составу, представляют худших членов Церкви. Латинские епископы существуют больше для католиков, колонии которых остались там еще после крестовых походов или поселившихся впоследствии. Латинская пропаганда не произвела сближения православных с католиками. Напротив, она усилила нерасположение к ним православных.