К середине XI в. положение папства, однако, начало резко меняться. Церковь к этому времени сделалась одним из крупнейших земельных собственников и имела свои владения во всех западноевропейских странах. Монастыри принимали активное участие в торговле и выступали нередко в роли ростовщиков. Своеволие феодалов, неизменно стремившихся поживиться за счёт огромных богатств церкви, наносило ей серьёзный урон. Опасности, подстерегавшие путников на дорогах, не только мешали торговле, которую вели монастыри, но и препятствовали паломничеству к церковным «святыням», что также уменьшало церковные доходы. Вот почему начиная с X в. церковь на своих соборах ратовала за установление «божьего мира» и «божьего перемирия», т. е. за ограничение войн между феодалами и запрещение военных действий в определённые дни недели.

Упадок папства в X—XI вв. был невыгоден для церкви, в частности для богатых монастырей. Их представители раньше, чем прочее духовенство, выдвинули требование укрепить церковную организацию. В укреплении папства как церковного центра были заинтересованы и епископы западноевропейских стран, находившиеся в зависимости от местных феодалов и королей и считавшие для себя менее тягостным подчинение далёкому Риму, чем более близким к ним королям и феодалам. С развёрнутой программой переустройства церкви и укрепления папства выступили монахи монастыря Клюни во французской Бургундии, подчинённого непосредственно папе. Выдвинутая ими программа к концу XI в. была подхвачена монастырями далеко за пределами Франции. Клюнийцы требовали укрепления церковной дисциплины путём введения строгого монастырского устава, так как распущенность духовенства и монахов подрывала их авторитет в народе. Они требовали установления строгого безбрачия духовенства, чтобы предотвратить расхищение церковных богатств и передачу их женатыми церковниками по наследству своим детям. Особенно настаивали клюнийцы на независимости духовенства от светских феодалов. Они выступали против так называемой симонии, т. е. против продажи императорами и королями церковных должностей, а также против назначения светской властью епископов и аббатов. Всё это было направлено к укреплению авторитета папства и католической церкви в целом.

Активным проводником этой программы в XI в. явился клюнийский монах Гильдебранд, ставший папой под именем Григория VII (1073—1085). Ещё до своего избрания на папский престол он оказывал большое влияние на папскую политику. Осуществлению его планов способствовало то обстоятельство, что императорская впасть в Германии после смерти Генриха III находилась в упадке. В целях противодействия германским феодалам Гильдебранд в 1059 г. заключил союз с норманнами, утвердившимися в Южной Италии. Норманские графы Ричард и Роберт Гюискар признали папу своим сюзереном и обязались защищать его от врагов. Гильдебранд добился реформы папских выборов: на созванном в 1059 г. Латеранском церковном соборе в Риме папа Николай II огласил декрет о том, что отныне папа избирается только кардиналами, т. е. первыми после папы сановниками церкви, назначаемыми самим папой; светские феодалы Римской области и германские императоры от участия в папских выборах отстранялись. Решающее влияние со стороны феодалов, королей и императоров на избрание папы такими решениями уничтожено не было. Однако от формального участия в выборах пап светские лица были устранены.

Гильдебранд повёл решительную борьбу и против симонии. Тот же Латеранский собор принял постановление против светской инвеституры, т. е. против вмешательства светских государей в назначение епископов и аббатов. Это в первую очередь касалось Германии, где назначение духовенства зависело от императора. Собор подтвердил также прежние постановления о безбрачии духовенства (целибат).

Гильдебранд выдвинул законченную программу папской теократии, т. е. верховной власти папы как в церковных, так и в светских делах. Эту программу он сформулировал в 1075 г. в так называемом «Папском диктате». В этом документе, изложенном в виде тезисов, Григорий VII выдвигал положение о том, что римская церковь, как «основанная самим богом», является непогрешимой и что лишь римский папа может называться вселенским, ибо только он может назначать епископов и издавать вселенские уставы. Григорий VII утверждал, что папа имеет право низлагать императоров и освобождать их подданных от присяги. Григорий VII ставил папу выше не только любой светской власти, но и выше церковных соборов.

Теократические притязания папства с самого начала натолкнулись на сильные препятствия. Уже при Григории VII началась длительная борьба римских пап с германскими императорами за право назначать представителей духовенства на епископские кафедры. В этой борьбе, несмотря на первоначальные успехи, Григорий VII потерпел неудачу. Вынужденный покинуть Рим, захваченный войсками германского императора, он призвал к себе на помощь норманнов с юга Италии, и они приступом овладели городом. Однако Григорий VII уже не смог в нём оставаться, так как опасался враждебных действий со стороны римского населения. Он ушёл с норманнами в Южную Италию и там же умер. Личная судьба Григория VII ни в какой степени не остановила его преемников в их стремлении подчинить светскую власть папству. Теократические планы папства, которые способствовали лишь увековечению политической раздробленности в феодальной Европе, потерпели полнейшее поражение значительно позже. Это произошло в период формирования и создания централизованных феодальных государств.