После патр. Самуила турки продолжали поборы с патриархов. С другой стороны греческие епископы и фанариоты так сжились с интригами, что не могли без них обойтись. Допущенные в Синод, они считали себя в праве контролировать действия патриарха, иногда низлагали его и проводили своих кандидатов. Особенно много бедствий испытала иерархия в патриаршество Григория 5-го и во время, последовавшее за его мученической кончиной. Григорий вступил впервые на кафедру в 1798 г. Занимал он ее полтора года. Это был замечательный пастырь. Он вел жизнь строго аскетическую, отличался точным исполнением своих обязанностей, твердостью убеждений и ревностью по вере. Он успел возобновить обветшавшую патриархию, устроил при ней типографию, занимался изданием полезных книг. Ревностно следил он за деятельностью епископов, преследовал беспорядки и злоупотребления. Синодальных архиереев в Константинополе, заботившихся лишь об удовольствиях жизни, он выслал в их епархии, оставив при себе только немногих. Такой строгий патриарх не мог нравиться. Его оклеветали перед правительством, как человека беспокойного и неспособного управлять. Григорий был низложен и отправлен на Афон.

После шестилетнего пребывания на Афоне, Григорий в 1806 г. был приглашен вторично, но через два года был снова низложен. Каллиник, бывший прежде патриархом, за большую сумму, данную одному приближенному султана, был сделан патриархом вместо Григория. В третий раз последний был избран на престол в 1818 г. В это время шла уже подготовка к восстанию. Патриарх сочувствовал грекам, но он же был ответственен перед правительством за всех христианских подданных султана. Григорий держал в тайне от большинства греков и правительства свое сочувствие грекам и участие в подготовлении священной борьбы. Руководители движения советовали ему удалиться из Константинополя. Но он не решался оставить паству в такое опасное время.

Когда в 1821 г. Ипсиланти поднял восстание в Дунайских княжествах, патриарх был вынужден под давлением правительства проклясть повстанцев. Отлучительная грамота была торжественно прочтена в церкви, в присутствии турок понимавших греческий язык. Вскоре пришло известие о восстании греков в Пелопонесе. Так как это была родина Григория, то турки начали его обвинять в содействии восставшим. 10 апреля 1821 г., в первый день Пасхи, явился правительственный чиновник и потребовал именем султана выбора нового патриарха. Выбран был Евгений Писидийский, который тотчас же отправился к великому визирю за утверждением. На Григория напала вооруженная толпа и повела к допросу, после которого он был повешен в воротах патриархии. Новый патриарх, возвращаясь от визиря, видел его повешенным. Тело Григория три дня находилось на виселице. Потом оно было отдано евреям, которые долго волочили его по улицам, а затем бросили в море. Грекам удалось извлечь тело и препроводить в Россию. Тело мученика было торжественно погребено в Одессе. В 1871 г., при праздновании 50-летия Греции, тело было торжественно перенесено в Афины.

Синодальные и другие архиереи, находившиеся в Константинополе, были или заключены в тюрьмы, или казнены. В Адрианополе был повешен бывший патриарх Кирилл 6ой. Вместе с ним были казнены еще три епископа и много знатных греков. Преемнику Григория, Евгению, пришлось претерпеть истязания. Через 12 дней по вступлении его на кафедру, турки ворвались в патриархию, схватили Евгения, влачили его, были, вырывали из его бороды по волоску и, наконец, ограбили его и патриархию. Он заболел от истязаний и вскоре умер. Преемника Евгения, Анфима 3 го (1822-24), — когда по поводу его низложения в 1824 г. произошло народное волнение, — турки хотели было умертвить. Не привели этого в исполнение только потому, что боялись европейцев, негодовавших по поводу убийства патр. Григория. Вообще казненных турками во время восстания — митрополитов, архиепископов, и епископов насчитывают до восьмидесяти. Казненных из несшего духовенства нужно считать сотнями. Так напр., когда в начале восстания все храмы были разрушены и духовенство стало отправлять службы под открытым небом, турки умертвили свыше 50 духовных лиц.