На религиозно-нравственную жизнь восточных христиан турецкое иго имело самое пагубное влияние. Тяжелый политический гнет, граничивший с рабством, неустройства и злоупотребления в церковной иерархии, упадок просвещения, стеснения в совершении богослужений — все это в совокупности привело к тому, что уровень нравственности в среде греков понизился еще больше, чем во времена Византийской империи. Под влиянием этих неблагоприятных условий жизни, греки понемногу стали забывать евангельские начала нравственности, а тем более осуществлять их в жизни. Применялись они к обычаям и понятиям турок. Это отразилось и на ряде патриархов и иерархов, делавшихся похожими на турецких чиновников. Афонский монах-писатель, Пахомий Русан, в своей беседе о важности и пользе книг св. Писания, так определяет тогдашних епархиальных архиереев: “попрошайка и раболепные восходят на кафедры и отовсюду собирают деньги ни на что потребное; не хотят они видеть человека, любящего мудрость, считая это обличением своего невежества, называют таких сумасбродами, беспокойными, непослушными, малодушными, потому что не подчиняются их глупостям.”

Низшее духовенство поражало своей небрежностью в совершении богослужения. Фанариоты, следствие своей страсти к интригам, не пользовались уважением. В народе стало проявляться религиозное безразличие. Это доводило некоторых греков до отступничества от веры. Они легко делались мусульманами или униатами. Одно прискорбное событие произошло в 1685 г. В Трапезунде епископ ризейский Александр, поссорившись со своим митрополитом, перешел в мусульманство и сделался пашей. Другие оставались равнодушными к своей вере. Часть греков, под влиянием турок, утратила христианский взгляд на брак, который иногда откладывался на неопределенное время. Происходили смешенные браки с мусульманами. Иногда дочери отдавались в гаремы. На греков развращающе повлиял закон о прощении христианину всякого преступления под условием принятия мусульманства. Этим поощрялись преступления. Но даже в эту мрачную эпоху нравственная жизнь восточных христиан не была лишена светлых явлений. Известны в греко-восточной Церкви благочестивые патриархи, подвижники, доблестные ревнители православия и мученики за веру. Все они были носителями святости, всегда присущей Христовой Церкви на земле. Афинские монастыри славились своими подвижниками, как и в прежние времена. С началом же политического и религиозного возрождения восточных христиан, заметно улучшилось и их нравственное состояние.