В 1514 папа Лев X Медичи, посетив Флоренцию, высказал пожелание, чтобы во Флоренции, рядом с Давидом Микеланджело, была установлена столь же гигантская статуя Геракла, победителя великана Какуса. Заказ предполагалось поручить Микеланджело, затем — Бандинелли; потом снова появилась идея передать колоссальную глыбу мрамора, бывшую в распоряжении городских властей, Микеланджело, но, поскольку последний работал над статуями капеллы Медичи, заказ был передан Бандинелли. В 1534 скульптурная группа Геракл и Какус (Флоренция, Пьяцца делла Синьория) была установлена у входа в резиденцию флорентийских властей — палаццо Веккио — и вызвала во Флоренции необыкновенный ажиотаж. Джорджо Вазари пишет в Жизнеописаниях наиболее знаменитых живописцев, ваятелей и зодчих: Трудно передать, какая толчея царила там в течение двух дней… но все хулили мастера и его работу. К тому же весь цоколь был обклеен латинскими и тосканскими стихами, в которых приятно было обнаружить способность их сочинителей, а также их выдумку и острословие . Насмешники угомонились только после того, как герцог Алессандро отправил наиболее активных из них в тюрьму. Позднее остроумный Бенвенуто Челлини сравнил торс Геракла с мешком, набитым дынями.

Несмотря на неудачу с Гераклом и Какусом Бандинелли продолжал пользоваться покровительством Медичи и получать от них весьма масштабные заказы. К их числу относятся эффектные надгробия папы Льва X Медичи (ум. в 1521), и Климента VII Медичи (ум. в 1534) в римской церкви Санта Мария сопра Минерва, воздвигнутые в 1536—1541 по проекту Бандинелли его помощниками. Даже Вазари, придворному мастеру Медичи, эти надгробия показались чересчур льстивыми; обе гробницы заключены в архитектурное обрамление, папы предстают в величественных позах, подняв правые руки в благословляющем жесте; надгробия украшают рельефы, посвященные их встречам с королем Франциском I и императором Карлом V, причем эти композиции значительно больше по размерам, чем рельефы, посвященные Иоанну Крестителю и Иоанну Богослову. Последнее обстоятельство и вызвало осуждение у Джорджо Вазари.