Альберих II умер в 954 году. В соответствии с данным ему обещанием, римляне в 955 году избрали на папский престол его семнадцатилетнего сына Октавиана, который должен был унаследовать и светскую власть отца. Таким образом, этот Понтифик, принявший имя Иоанна XII (он стал вторым после Иоанна II Папой, сменившим имя при восшествии на престол) и снискавший дурную славу своей безнравственной жизнью, объединил духовную и светскую власть, хотя и лишь на территории, подчиненной Альбериху – по сути дела, это был древний Римский дукат, или “Вотчина святого Петра”. Пентаполис и экзархат находились в других руках, попав, в конце концов, под власть короля Беренгара Иврейского. Чтобы обрести защиту от Беренгара, Иоанн XII призвал на помощь германского короля Оттона I. Оттон вступил в Рим и 2 февраля 962 года Папа возложил на него императорскую корону. 13 февраля император составил грамоту (дошедшую до нас в каллиграфической копии того же времени, хранящейся в Ватиканских архивах), в которой обновил хорошо известные обязательства своих предшественников, расширив список дарений некоторыми новыми и обещав обеспечивать безопасность канонического избрания Пап. Папа не мог быть посвящен до тех пор, пока представители императора не убедятся в законности избрания и не получат от Папы клятвенного обещания верности. Необходимым условием сотрудничества императора и Папы было их совместное противостояние Беренгару. Оно было нарушено, когда Иоанн XII, который небезосновательно опасался могущества Оттона, вступил в тайный сговор с Беренгаром. Оттон после этого вновь вступил в Рим, покинутый до этого Папой, и потребовал от римлян принести присягу, что они никогда не станут избирать Папу без явного согласия и санкции императора. Тем самым было провозглашено подчинение папства императору. Это немедленно стало очевидным, когда синод, на котором председательствовал Оттон, низложил Папу. Однако Лев VIII, избранный в соответствии с пожеланиями Оттона, не смог удержаться в Риме без Оттона. Сразу после отбытия императора римляне восстали и изгнали его ставленника. Иоанн XII, немедленно вернувшийся в Рим, созвал собор и осудил Льва VIII. После смерти Иоанна XII римляне избрали Бенедикта V, но Оттон, вернувшись вместе с Львом VIII в Рим, отдал Бенедикта V под суд и низложил его, причем Лев VIII сам снял паллий с плеч Бенедикта. Уйдя из Рима в Германию, Оттон взял Бенедикта V с собой и отправил его в Гамбург, где тот и оставался до конца жизни.

Другие злоключения ожидали Иоанна XIII, которого некоторые римские аристократические семьи также приняли враждебно, как императорского ставленника. Будучи схвачен в результате заговора, заключен в тюрьму и отправлен в Кампанью, он сумел бежать из заточения. Лишь в 966 году из страха перед Оттоном I, вновь пришедшим в Италию и жестоко покаравшим заговорщиков, римляне, наконец, приняли Понтифика, вернувшегося из изгнания. На следующий год (967) Папа возложил императорскую корону на сына Оттона I, Оттона II, а позднее благословил его брак с греческой принцессой Феофанией. Оттону II предстояло оказывать такое же покровительство Папам своего времени. Преемник Иоанна XIII, Бенедикт VI, был заключен и через два месяца задушен в замке св. Ангела враждебно настроенной знатью, прежде чем посланный для его освобождения представитель императора успел прибыть в Рим. Кардинал-диакон Франко Ферруччи, избранный на его место (Бонифаций VII) вынужден был бежать в Константинополь, а положение Бенедикта VII, возведенного на папский престол с согласия Оттона II, оставалось неопределенным до того, как Оттон прибыл в Рим в 980 году, где, после своего поражения у мыса Колонна, он умер в 983 году и был погребен в соборе св. Петра. Бонифаций VII, вернувшись из Константинополя, пользуясь малолетством сына Оттона (которому было всего четыре года), сместил Иоанна XIV, преемника Бенедикта VII, бросив его в темницу в замке св. Ангела и заморив там голодом. Сам Бонифаций VII внезапно умер год спустя, а его тело было предано на поругание ненавидевшему его народу. При Иоанне XV, избранном после смерти Бонифация, Римом правил Кресценций, внук Феодоры-младшей, присвоивший себе титул “римского патриция”, так что казалось, будто вернулись времена Альбериха.

Иоанн XV поэтому страстно желал прибытия германской армии, которая пришла в 996 году под командованием шестнадцатилетнего Оттона III. Однако Иоанн умер прежде, чем Оттон успел войти в Рим. Германский король, которого римляне просили предложить кандидатуру Папы, после совещания со своими советниками, предложил своего двадцатитрехлетнего кузена Бруно, который и был избран в Риме Папой под именем Григория V (996-99). Он стал первым Римским епископом из германской нации. Спустя несколько недель новый Папа короновал Оттона III как императора. Кресценций и его приспешники были осуждены, а сам Кресценций приговорен к ссылке; однако, по ходатайству Григория V, Оттон III позволил ему остаться в Риме, лишенного всех должностей. Но по отбытии императора, Кресценций поднял мятеж против Папы-иноземца, и тот вынужден был бежать, а Кресценций возвел на его место епископа Пьяченцы Филагата, недавно вернувшегося из Константинополя, где он был с посольством от имени Оттона III. Грек Филагат принял имя Иоанна XVI. По возвращении императора вместе с законным Папой Григорием V, Иоанн XVI был схвачен и жестоко изувечен, но не был казнен и прожил до 1013 года. Кресценций же, осажденный в замке св. Ангела, был впоследствии обезглавлен.

Преемником Папы-немца Григория V стал первый Папа-француз, ученый Сильвестр II, чья кандидатура также была назначена Оттоном. Император желал устроить на Авентинском холме, рядом с Папой, свою постоянную резиденцию и выстроил там роскошный дворец, чтобы оттуда управлять Западом, как это делали некогда римские императоры. В действие было введено древнее римское законодательство и византийские церемониальные формы. Однако все эти начинания вскоре окончились ничем. Всего несколько лет спустя юный и мечтательный, но жестоко разочаровавшийся император умер в замке Патерно, вне Рима, который поднял против него мятеж. После его смерти графы Тускулумские вступили в борьбу за первенство с потомками Кресценция и возвели на папский престол одного из своих, Теофилакта, графа Тусколо, под именем Бенедикта VIII (в то время как их противники назначили “своего” Папу). Бенедикт был признан как законный Понтифик Генрихом II, которого он и короновал как императора в Риме 14 февраля 1014 года. Бенедикта и Генриха связывала тесная дружба; они вместе планировали реформу Церкви, которой, к сожалению, не суждено было осуществиться. Преемником Бенедикта VIII стал его брат Иоанн XIX, человек, гораздо менее достойный и бывший прежде сенатором и консулом Рима. Иоанн заботился прежде всего об интересах своего рода, которые побуждали его искать расположения преемника Генриха II, Конрада II, которого он короновал как императора в Риме в 1027 году. Престиж папства пал еще ниже при племяннике Иоанна XIX, Бенедикте IX, чье возведение на папский престол в возрасте двадцати лет (по менее достоверной версии – в 12 лет) было достигнуто его семейством при помощи симонии и насилия. Римляне, возмущенные распутной жизнью Бенедикта, избрали другого Папу, Сильвестра III, когда Бенедикта не было в Риме, однако последнему удалось в том же году изгнать Сильвестра. Позднее Бенедкит продал престол своему крестному отцу Иоанну Грациану за 1000 фунтов серебра. Тот принял имя Григория VI, заплатив столь крупную сумму, чтобы положить конец беззакониям графов тускулумских и позору римского престола. Однако Бенедикт IX, пожалев о совершенной сделке, попытался вернуть себе папский трон. Это послужило причиной для вторжения короля Генриха III, который, созвав собор в Сутри, низложил всех трех Пап (Бенедикта IX, Сильвестра III и Григория VI), поскольку было очевидно, что все они получили свое достоинство исключительно посредством симонии. Григорий VI в должности секретаря отправился в ссылку в Германию вместе с Гильдебрандом (будущим Папой Григорием VII). После этого в Риме наступает апогей германского владычества, обозначенный целой чередой немецких Пап: Климент II, короновавший Генриха III как императора в 1046 году, даровав ему также титул патриция, а вместе с ним и право номинации на выборах Папы; Дамас II (после быстрой кончины Климента II графам Тускулумские на восемь месяцев удалось вернуть власть в Риме, а папский престол в третий раз занял одиозный Бенедикт IX, но вскоре он был изгнан и, по одной из версий, окончил жизнь в покаянии в аббатстве Гроттаферрата, а по другой – не оставил попыток вернуть себе папский престол даже при Льве IX). После Дамаса II был избран св. Лев IX, начавший осуществление церковных реформ и решительно боровшийся с симонией. Лев IX послал в Константинополь легатов во главе с кардиналом Гумбертом для разрешения конфликта с Восточной Церковью, однако спустя три месяца после смерти Папы это посольство окончилось взаимными анафемами и ознаменовало начало окончательного раскола в Церкви. Очередным германским Папой стал Виктор II.

Вслед за этим периодом немецкого господства наступила реакция. При бургундце Николае II стремление освободить папство от владычества империи стало очевидно. На Пасхальном синоде в 1059 году были введены новые нормы для избрания Папы, право на которое теперь имели только кардиналы. Германский король более не имел права назначения, но лишь право утверждения. Поскольку германский суд не желал уступать без борьбы права назначения, которое, согласно с его представлениями, сообщалось вместе с наследственным званием патриция, начался первый конфликт между империей и папством. После избрания преемника Николая II, Александра II, германское правительство поставило епископа Пармского Кадалуса как Гонория II. Вскоре после этого разгорелся новый конфликт в борьбе за инвеституру между Григорием VII и Генрихом IV. В этом контексте папство остро нуждалось в поддержке светской власти против Германской империи. Эта поддержка была найдена в лице норманнов, чье государство, основанное в южной Италии, приобретало всё возрастающее значение для папства.

Отношения между Святым Престолом и норманнами не всегда были дружественными. Когда при Льве IX они напали на лангобардское герцогство Беневенто, беневентийцы предпочли защититься от них, изгнав собственного князя и избрав своим властителем Папу в 1051 году. Таким образом, Беневенто было включено в Церковное Государство. В действительности, конечно, Папы получили во владение лишь город Беневенто с регионами, находящимися непосредственно под его юрисдикцией, и то лишь с 1077 года. Из-за истории с Беневенто Лев IX поссорился с норманнами и начал против них военные действия, но был разгромлен и даже взят в плен при Чивитате в 1053 году. Тем не менее, победители относились к пленному с крайним уважением, признавая в нем преемника Петра. Впоследствии, в результате переговоров с Николаем II, был заключен договор в Мелфи в 1059 году, по которому норманны признавали себя вассалами Святого Престола на завоеванных территориях (за исключением Беневенто) и обязывались выплачивать ежегодную дань. Отныне они также брали на себя защиту папства и Церковного Государства, а также обеспечение канонического избрания Папы. Нормандская армия под командованием Роберта Гвискара пришла на помощь Григорию VII в крайне тяжелых обстоятельствах, когда Генрих IV пришел в Рим с антипапой Климентом III, получил от него императорскую корону и заключил Григория VII в замок св. Ангела. Однако, узнав о приближении армии Роберта Гвискара, Генрих вынужден был уйти из Рима в 1084 году.

Важной союзницей папства в его конфликте с империей была маркграфиня (Великая Графиня) Матильда Тосканская, в замке которой в Каноссе остановился король Генрих IV в январе 1077 года, чтобы просить Григория VII об освобождении от церковного прещения. Матильда завещала свои владения Папе, однако в 1111 году обещала их императору Генриху V, хотя и на том условии, что Римская Церковь останется их основным владельцем. Переход земель, завещанных Матильдой, после ее смерти в 1115 году, породил вначале натянутые отношения, а затем и открытую ссору между императором и Папой. Отчасти это произошло благодаря тому, что эти земли из-за своего географического положения имели важное стратегическое значение. Тот, кто обладал ими, мог контролировать переход через Апеннины с равнин реки По в Тоскану. Генрих V немедленно завладел этими землями, а потом и последующие короли и императоры до Фридриха II занимали их или предоставляли в дар, несмотря на непрекращающиеся протесты Курии. Несмотря на всё это, Папа и император зачастую действовали в согласии. Император Лотарь встал на сторону Иннокентия II и напал на антипапу Анаклета II с его покровителем, королем Сицилии Роджером II. Фридрих I захватил Арнольда Брешианского, открыто проповедавшего против светской власти Пап; он был казнен как еретик и мятежник в 1155 году.

Различные спорные вопросы, приведшие к восемнадцатилетнему конфликту между Фридрихом I и Александром III и урегулированные затем Венецианским договором, вновь актуализировались, когда Генрих VI, как муж норманнской престолонаследницы Констанции, после смерти бездетного короля Вильгельма II в 1189 году предъявил претензии на Норманнское королевство, охватывавшее Сицилию и южную Италию. Папа, как сюзерен, желал иметь Норманнское королевство в своем полном распоряжении и вначале даровал его незаконнорожденному Танкреду Леччскому. Однако Генрих проигнорировал это деяние Папы и завоевал королевство после смерти Танкреда в 1194 году. Он стремился преобразовать Италию и Германию в наследственную монархию. Он также подчинил себе территории, издавна принадлежавшие Церковному Государству, передав Анконскую марку, герцогство Равенна и экзархат (Романью) в распоряжение великого сенешаля королевства, Марквальда Анвайлерского, как своего вице-короля. Однако полсе смерти Генриха VI (который был коронован как император Папой Целестином III) все планы на мировое господство рухнули. В Италии зародилось национальное движение, используемое молодым и энергичным Иннокентием III для восстановления и расширения Церковного Государства. В первую очередь он усилил папскую власть в самом Риме, добившись получения присяги на верность от сенаторов и префекта, ранее назначавшихся императором. После того он подчинил себе практически все территории в Анконской марке и в герцогстве Сполето, завещанные Матильдой, а также Ассизи и Перуджу. Иннокентий стал, таким образом, воссоздателем Церковного Государства. Папа 8 июня 1201 года заключил чрезвычайно выгодный нейсский конкордат с Оттоном IV, а сын Генриха VI, Фридрих II, которому покровительствовал Иннокентий III (отлучивший Оттона IV в 1210 году за невыполнение своих обещаний и провозгласивший Фридриха императором), заново утвердил Церковное Государство в его основных частях посредством Золотой буллы, составленной в Эгере 12 июля 1213 года. Этими частями были: древняя Вотчина (Patrimonium) от Чеперано до Радикофани, Анконская марка, герцогство Сполето, владения Матильды, графство Бертиноро (к югу от Равенны), экзархат и Пентаполис. Однако все эти приобретения и само Церковное Государство оказались в большой опасности, когда разгорелась ожесточенная борьба между Фридрихом II и курией (начавшаяся из-за того, что папа, ведший подготовку V Крестового похода, провозгласил королем Константинополя не Фридриха, а Пьера де Куртенэ). Император подчинил своей власти всё Церковное Государство, за исключением Рима. Иннокентий IV бежал в свой родной город Геную, а оттуда – в Лион, где на тринадцатом Вселенском Соборе в 1245 году он отлучил Фридриха II от Церкви и низложил его. Конфликт бушевал еще несколько лет, однако звезда Гогенштауфенов стала быстро заходить. Сын императора Энцио (Хайнц), главнокомандующий в центральной и северной Италии, был взят в плен гвельфами в Фоссальтской битве в 1249 году и умер в заточении в 1250 году. Его сын Конрад IV умер всего несколькими годами позже, в 1254. Когда незаконнорожденный сын Фридриха, Манфред, продолжил борьбу и короновал себя в Палермо, Папа-француз Климент IV призвал на помощь брата короля Франции Людовикка IX, Карла Анжуйского, получившего в ленное владение от Папы королевство Нижней Италии. Карл одержал победу над Манфредом в 1266 году у Беневенто и над юным внуком Фридриха II, Конрадином, у Тальякоццо, 23 августа 1268 года. Конрадина сначала смог бежать, но в начале сентября был взят в плен и выдан Карлу. Последнего потомка династии Гогенштауфенов судили как изменника и вместе с Фридрихом Баденским и 11 другими сторонниками казнили на рыночной площади в Неаполе 29 октября 1268 года. Опасность, исходившая для папства от дома Гогенштауфенов, миновала, но на ее место пришла новая, еще более серьезная угроза.