К концу 4-го века, после борьбы с разного рода еретиками, Церковь раскрыла вполне учение о Лице Господа Иисуса Христа, подтвердив, что Он есть Бог и вместе человек. Но люди науки не удовлетворялись положительным учением Церкви; в учении о богочеловечестве Иисуса Христа они находили пункт не уясненный для разума. Это вопрос об образе соединения в Лице Иисуса Христа Божественной и человеческой природы и взаимном отношении той и другой. Вопрос этот в конце 4 и начале 5 века занимал Антиохийских богословов, которые и приняли на себя задачу разъяснить его научно, путем разума. Но так как они придавали соображением разума большее чем следовало значение, то, при выяснении этого вопроса, так же как и в прежних разъяснениях, не обошлись без ересей, волновавших Церковь в 5, 6 и даже 7 веках.

Ересь Нестория была первой из ересей, развивавшихся в Церкви при научном разъяснении вопроса об образе соединения в Лице Иисуса Христа Божественной и человеческой природы и их взаимном отношении. Она, подобно ереси Ария, вышла из Антиохийского училища, не допускавшего таинственности в понимании догматов веры. Богословам Антиохийского училища казалось непонятным и даже невозможным учение о соединении двух природ Божественной и человеческой, ограниченной и неограниченной, в одно Лице Бога-человека Иисуса Христа. Желая дать этому учению разумное и понятное объяснение, они пришли с еретическим мыслям. Диодор, епископ тарсийский (ум. 394 г.), прежде Антиохийский пресвитер и учитель училища, первый развил такого рода мысли. Он написал в опровержение Аполлинария сочинение, в котором доказывал, что в Иисусе Христе человеческая природа как до соединения, так и после соединения с Божественной была полная и самостоятельная. Но, определяя образ соединения двух полных природ, он затруднялся (вследствие воззрений Антиохийской школы на догматы) сказать, что человеческая и Божественная природа составили единое Лицо Иисуса, и потому разграничил их между собой то того, что между ними не было полного и существенного объединения. Он учил, что совершенный прежде веков Сын воспринял совершенное от Давида, что Бог Слово обитал в рожденном от семени Давидова, как в храме, и что от Девы Марии родился человек, а не Бог Слово, ибо смертное рождает смертное по естеству. Отсюда, по Диодору, Иисус Христос был простой человек, в котором обитало Божество, или который носил в себе Божество.

Ученик Диодора, Феодор, епископ Мопсуетский (ум. 429 г.), развил эту мысль еще полнее. Он резко отличал в Иисусе Христе человеческую личность от Божественной. Существенное соединение Бога-Слова с человеком Иисусом в одно лицо, по его понятию, было бы ограничением Божества, потому оно и невозможно. Между ними возможно только внешнее единение, соприкосновение одного с другим. Это соприкосновение Феодор раскрывал таким образом: человек Иисус родился от Марии, как и все люди естественно, со всеми человеческими страстями и недостатками. Бог-Слово, предвидя, что Он выдержит борьбу со всеми страстями и над ними восторжествует, захотел через Него спасти человеческий род, и для этого, еще с момента зачатия Его, соединился с Ним Своей благодатью. Благодать Бога-Слова, почившая на человеке Иисусе, освящала и укрепляла Его силы и по Его рождении, так что Он, вступив в жизнь, начал борьбу со страстями тела и души, уничтожил грех во плоти и истребил его похоти. За такую добродетельную жизнь человек-Иисус удостоен быть усыновлен от Бога: именно со времени крещения Он признан был Сыном Божиим. Когда затем Иисус победил все диавольские искушения в пустыне и достиг жизни совершеннейшей, Бог-Слово излил на Него дары Св. Духа в несравненно высшей степени, чем на пророков, апостолов и святых, напр., он сообщил Ему высшее ведение. Наконец, во время страданий человек-Иисус выдержал последнюю борьбу с человеческими немощами и был удостоен за это божественного ведения и божественной святости. Теперь, Бог-Слово соединился с человеком-Иисусом теснейшим образом; между ними установилось единство действий, и человек-Иисус сделался орудием Бога-Слова в деле спасения людей.

Таким образом у Федора Мопсуетского Бог-Слово и человек-Иисус совершенно отдельные и самостоятельные личности. Поэтому, он никак не допускал употребления выражений, относящихся к человеку-Иисусу, в приложении к Богу-Слову. Напр., по его мнению, нельзя говорить: Бог родился, Богородица, потому что не Бог родился от Марии, а человек, или: Бог страдал, Бог распят, потому что опять страдал человек-Иисус. Это учение вполне еретическое. Последние выводы из него — это отрицание таинства воплощения Бога-Слова, искупления рода человеческого страданиями и смертью Господа Иисуса Христа, так как страдания и смерть обыкновенного человека не могут иметь спасительного значения для всего рода человеческого, и, в конце концов, отрицание всего христианства.

Пока учения Диодора и Феодора распространялись только как частное мнение в кружке людей, занимавшихся богословскими вопросами, оно не встречало опровержений и осуждений со стороны Церкви. Но когда архиеп. Константинопольский Несторий затеял сделать его общецерковным учением, Церковь выступила против него, как ереси и торжественно осудила. Несторий был учеником Феодора Мопсуетского и воспитанником Антиохийского училища. Он возглавил борьбу с Церковью и дал свое имя этому еретическому учению. Еще будучи в Антиохии иеромонахом он славился красноречием и строгостью жизни. В 428 году имп. Феодосий 2 младший сделал его Константинопольским архиепископом. Несторий привез из Антиохии пресвитера Анастасия, который сказал в церкви несколько проповедей в духе учения Ф. Мопсуетского, что Деву Марию следует называть не Богородицей, а человекородицей. Подобное учение было новостью, так как в Константинопольской, Александрийской и других церквах сохранялось древнее православное учение о соединение в Лице Господа Иисуса Христа двух естеств. На это соединение смотрели, как на существенное соединение в одно Богочеловеческое Лицо, и не допускалось в Нем, как едином лице, разделения Божества от человечества. Отсюда в общественном наименовании Пресвятой Девы Марии было Богородица. Эти проповеди Анастасия взволновали весь клир, монахов и народ. Несторий для прекращения волнений стал сам проповедовать и отвергать название Богородица, по его мнению, непримиримое с разумом и христианством, но и не допускал названия человекородица, а назвал Пресвятую Деву Христородицей. После этого объяснения волнения в Константинополе не утихали. Нестория стали обвинять в ереси Павла Самосатского, так как было понятно, что речь идет не только о названии Девы Марии Богородицей, а о Лице Иисуса Христа. Несторий стал преследовать своих противников и даже осудил их на константинопольском соборе (429 г.), но тем только увеличил число своих врагов, которых и без того было много по случаю предпринятого им исправления нравов клира. Скоро слух об этих спорах проник и в другие церкви и здесь начались рассуждения.

В Антиохии и Сирии очень многие приняли сторону Нестория, по преимуществу лица, вышедшие из Антиохийского училища. Но в Александрии и Риме учение Нестория встретило сильное противодействие. Александрийским епископом в то время был св. Кирилл (с 412 г.), человек богословски образованный и ревностный защитник православия. Прежде всего, в пасхальном послании он изложил как вредно для христианства учение Нестория. Это на Нестория не подействовало, и он продолжал в письмах к Кириллу отстаивать правильность своего учения. Тогда Кирилл особым посланием известил императора Феодосия 2-го, его супругу Евдоксию и сестру Пульхерию об учении Нестория. Затем он сообщил об этой ереси папу Целестина. Несторий тоже писал в Рим. Папа Целестин созвал в Риме собор (430), осудил на нем учение Нестория и потребовал от него, под угрозой отлучения и низложения, отказаться от своих мыслей в течение 10 дней. Заключение собора было отправлено Несторию и восточным епископам через Кирилла, которому папа передал свой голос. Кирилл уведомил Нестория и епископов о постановлениях Римского собора, и особенно убеждал Иоанна, архиеп. Антиохийского, стоять за православие. В случае принятия ими стороны Нестория, они дадут повод к разрыву с церквами Александрийской и Римской, которые уже высказались против Нестория. Иоанн, сочувствовавший образу мыслей Нестория, в виду предупреждения Кирилла, написал Несторию дружеское письмо, в котором убеждал его употреблять выражения о Пресвятой Деве Марии, принятые древними отцами.

Между тем, Кирилл на соборе в Александрии (430 г). осудил учение Нестория и издал против него 12 анафематизмов, в которых доказывал нераздельное соединение в Лице Господа Иисуса Христа двух естеств. Эти анафематизмы Кирилл препроводил Несторию со своим посланием. Несторий, со своей стороны, ответил 12 анафематизмами, в которых осуждал тех, кто приписывают страдания Божеству и проч. Они были направлены против Кирилла, хотя к последнему они не приложимы. Сирийские епископы, получив анафематизмы Кирилла, тоже восстали против них. У них была точка зрения идей Феодора Мопсуетского. Блаженный Феодорит, ученый епископ кирский, написал на них опровержение. Для прекращения такого раздора между предстоятелями знаменитых церквей и утверждения православного учения, имп. Феодосий 2 решился созвать вселенский собор. Несторий, чью сторону в то время держал Феодосий, сам просил вселенского собора, находясь в убеждении, что его учение, как правильное, восторжествует.

Феодосий назначил собор в Ефесе в самый день Пятидесятницы 431 г. Это был Третий Вселенский Собор. В Ефес прибыли Кирилл с 40 египетскими епископами, Ювеналий иерусалимский и палестинскими епископами, Фирм, еп. Кесарии каппадокийской, Флавиан фессалоникийский. Прибыл и Несторий с 10 епископами и два высших чиновника, друзья Нестория. Первый Кандидиан, как представитель императора, второй Ириней — просто как расположенный к Несторию. Не было только Иоанна Антиохийского и папских легатов. По прошествии 16 дней срока, назначенного императором для открытия собора, Кирилл решился открыть собор, не дожидаясь отсутствующих. Чиновник Кандидиан протестовал против этого и послал донос в Константинополь. Первое заседание было 22 июня в церкви Богородицы. Нестория приглашали на собор три раза. Но в первый раз он дал ответ неопределенный, второй раз отвечал, что придет когда все епископы съедутся, а в третий — даже не выслушал приглашения. Тогда собор решил рассмотреть дело Нестория без него. Были прочитаны Символ веры Никео-Цареградский, послания к Несторию, анафематизмы Кирилла и послания Нестория к Кириллу, его беседы и прочее.

Отцы нашли, что послания Кирилла заключают в себе православное учение и, напротив, послания и беседы Нестория — неправославное. Потом отцы проверили как Несторий учит в настоящее время, не отказался ли он уже от своих мыслей. По свидетельству епископов, беседовавших в Ефесе с Несторием, оказалось, что он держится прежних мыслей. Наконец, были прочитаны изречения отцов Церкви, писавших о Лице Господа Иисуса Христа. Здесь тоже Несторий противоречит им. Приняв все это во внимание, отцы Ефеского собора признали учение Нестория еретическим и определили лишить его сана и отлучить от церковного общения. Под приговором подписалось 200 епископов и первое заседание кончилось.

В тот же день собор объявил в Ефесе о низложении Нестория и послал уведомление об этом клиру в Константинополе. Кирилл еще от себя написал письма епископам и настоятелю константинопольского монастыря авве Далматию. Вскоре были отправлены и акты собора императору. Несторию был объявлен приговор на другой день после заседания. Он, конечно, его не принял и в донесении императору жаловался на неправильные, будто бы действия собора, обвинял особенно Кирилла и Мемнона и просил императора или перевести собор в другое место, или дать ему возможность благополучно возвратиться в Константинополь, потому что, жаловался он со своими епископами, — его жизни угрожает опасность.

Между тем прибыл в Ефес Иоанн Антиохийский с 33 сирскими епископами. Отцы собора его уведомили, чтобы он не входил в общение с осужденным Несторием. Но Иоанн был не доволен решением дела не в пользу Нестория, и потому, не входя в общение с Кириллом и его собором, составил свой собор с Несторием и приехавшими епископами. К Иоанну примкнуло несколько епископов, бывших на соборе св. Кирилла. На собор Иоанна также прибыл императорский уполномоченный. Собор Иоанна признал осуждение Нестория незаконным и начал суд над Кириллом, Мемноном и другими епископами, осудившими Нестория. Кириллу было несправедливо поставлено в вину, между прочим, что учение, изложенное в его анафематизмах, сходно с нечестием Ария, Аполлинария и Евномия.

И вот, собор Иоанна осудил и низложил Кирилла и Мемнона. Отлучил от церковного общения, впредь до раскаяния, прочих епископов, осудивших Нестория, донес обо всем в Константинополь императору, клиру и народу, прося императора утвердить низложение Кирилла и Мемнона. Феодосий, который получил кроме донесений Кирилла, Нестория и Иоанна еще донесение Кандидиана, не знал, как поступить в этом случае. Наконец, он распорядился, чтобы все постановления соборов Кирилла и Иоанна были уничтожены, и чтобы все епископы, прибывшие в Ефес, собрались вместе и покончили споры мирным образом. Кирилл не мог согласиться на такое предложение, так как на его соборе было вынесено правильное решение, а Иоанн Антиохийский представлял действия своего собора правильными, о чем оба доносили в Константинополь.

Пока велась эта переписка, собор, под председательством Кирилла, продолжал свои заседания, который было семь. На втором заседании было прочитано послание папы Целестина, привезенное только теперь прибывшими легатами, и признано было вполне православным; в третьем — Римские легаты подписали осуждение Нестория; в четвертом — Кирилл и Мемнон, неправильно осужденные Иоанном (который не явился на приглашение явиться на заседание) были оправданы; в пятом — Кирилл и Мемнон, для опровержения обвинений, возведенных на них Иоанном, осудили ереси Ария, Аполлинария и Евномия, а собор отлучил от церковного общение самого Иоанна и Сирийских епископов; в шестом — запрещено на будущее время изменять что-либо в Никео-Цареградском Символе или вместо него составлять другие, наконец, в седьмом — собор занялся решением частных вопросов по разграничению епархий. Все соборные акты были посланы императору для утверждения.

Теперь Феодосий находился в еще большем затруднении, чем прежде, потому что неприязнь между собором и партией Иоанна увеличилась в значительной степени. А вельможа Ириней, прибывший в столицу из Ефеса, сильно действовал при дворе в пользу Нестория. Епископ берийский Акакий подал императору совет, удалив от соборных рассуждений Кирилла, Мемнона и Нестория, поручить всем остальным епископам пересмотреть вновь дело Нестория. Император так и поступил. Он послал в Ефес чиновника, который взял под стражу Кирилла, Мемнона и Нестория, и начал соглашать прочих епископов. Но соглашения не последовало. Между тем, св. Кирилл нашел случай из под стражи написать клиру и народу константинопольскому, а также авве Далматию о происходящем в Ефесе. Авва Долматий собрал иноков константинопольских монастырей и вместе с ними при многочисленном стечении народа, с пением псалмов, с горящими светильниками, отправился ко дворцу императора. Вошедши во дворец, Далматий просил императора, что бы православные отцы были освобождены от заключения и чтобы было утверждено определение собора относительно Нестория.

Появление знаменитого Аввы, 48 лет не выходившего из своего монастыря, произвело сильное впечатление на императора. Он обещал утвердить решение собора. Затем в церкви, куда отправился авва Долматий с иноками, народ открыто провозгласил анафему Несторию. Таким образом колебания императора кончились. Оставалось только привести сирских епископов в согласие с собором. Для этого император приказал спорящим сторонам выбрать по 8 депутатов и прислать их в Халкидон для взаимных рассуждений в присутствии императора. В это депутацию со стороны православных вошли два Римских легата и иерусалимский епископ Ювеналий. Со стороны защитников Нестория — Иоанн Антиохийский и Феодорит кирский. Но и в Халкидоне не было достигнуто соглашение, несмотря на заботы Феодосия. Православные требовали, чтобы сирские епископы подписали осуждение Нестория, а сирские не соглашались и не хотели принимать, как они выражались, догматов Кирилла (анафематизмов). Так дело и осталось нерешенным. Впрочем, Феодосий теперь перешел решительно на сторону православных епископов. По окончании халкидонского совещания он издал указ, в котором приказал всем епископам возвратиться на свои кафедры, в том числе и Кириллу, а Нестория еще прежде удалил в Антиохийский монастырь, из которого он прежде был взят на константинопольскую кафедру. Преемником Нестория православные епископы поставили Максимилиана, известного своей благочестивой жизнью.

Восточные епископы, во главе с Иоанном Антиохийским, отправляясь из Халкидона и Ефеса на свои кафедры, по дороге составили два собора, один в Тарсе, на котором снова осудила Кирилли и Мемнона, и другой в Антиохии, на котором составили свое исповедание веры. В этом исповедание было сказано, что Господь Иисус Христос — совершенный Бог и совершенный человек, и что на основании неслитного в Нем единства Божества и человечества, Пресвятая Дева Мария может быть названа Богородицей. Таким образом, восточные отцы отступили от своих несторианских воззрений, но от лица Нестория не отказались, почему разделение между ними и Кириллом продолжалось. Иператор Феодосий не терял все-таки надежды примирить церкви и поручил исполнить это своему чиновнику Аристолаю. Но только Павлу, епископу эдесскому, удалось согласить отцов сирских с Александрийскими. Он убедил Иоанна Антиохийского и других сирских епископов согласиться на осуждение Нестория, а Кирилла Александрийского — подписать Антиохийское исповедание веры. Кирилла видя, что это исповедание православное, подписал его, но не отказался и от своих анафематизмов. Таким образом мир был восстановлен. С Антиохийским исповеданием веры, как с православным, была согласна вся Вселенская Церковь и оно получило значение точного исповедания веры древне-православного учения об образе соединения в Господе Иисусе Христе двух естеств и их взаимном отношении. Император утвердил это исповедание и постановил окончательное решение относительно Нестория. Он был сослан (435 г). в один оазис в египетских пустынях, где и умер (440 г.).

Вместе с заблуждениями Нестория на третьем вселенском соборе была осуждена и явившаяся на западе ересь пелагианская. Пелагий, родом из Британии, не принимая иночества, вел строгую аскетическу жизнь, и, впав в духовную гордость, начал отрицать первородный грех, умаляя значение благодати Божией в деле спасения и усвояя все заслуги добродетельной жизни и собственным силам человека. В дальнейшем своем развитии пелагианство вело к отрицанию нужды в искуплении и самого искупления. Для распространения этого лжеучения, Пелагий прибыл в Рим, а потом явился в Карфаген, но здесь встретил сильного противника в лице знаменитого учителя западной церкви, блаженного Августина. Испытав собственным тяжким опытом немощь воли в борьбе со страстями, Августин со всей силой опровергал ложное учение гордого британца и раскрыл в своих творениях какое великое значение имеет божественная благодать для делания добра и достижения блаженства. Осуждение ереси Пелагия было произнесено еще в 418 году на поместном соборе в Карфагене, и только было подтверждено третьем вселенским собором.

На соборе было изложено всех канонов 8. Из них, кроме осуждения Несторианской ереси, важно — полное запрещение не только составлять новый, но даже дополнять или сокращать, хотя бы одним словом, Символ, изложенный на двух первых Вселенских Соборах.