Когда св. Мартин занял Кафедру св. Петра после папы Феодора (649), положение Церкви, на Востоке особенно, было плачевное. Вследствие определенного на Халкидонском Соборе православного учения Кафолической Церкви о двух естествах и одном лице в Иисусе Христе на Востоке произошло глубокое разделение. Так как эллинизм народностей, входящих в состав византийской Империи был чисто внешний, то каждая этническая группа и
поторопилась, дабы избавиться от политической гегемонии Византии, обеспечить за собой независимость хотя бы в области церковной. Успех несторианства в Месопотамии создал Халдейскую церковь, проникшую в Персию вплоть до Индии. Распространение монофизитства породило Коптскую церковь в Египте, Абиссинскую церковь в Эфиопии, Яковитскую церковь в Сирии и Армянскую церковь в Средней Азии. Монофелитству же обязана своим существованием Маронитская церковь в Ливан .
В силу этих условий монофелитство показалось Константинопольским императорам и патриархам средством удержать под законами Империи и под своей юрисдикцией ускользающих от их власти монофизитов. Сохраняя оба естества во Христе, они одновременно прибегли к ловкой сделке, уступив им, что в этих двух естествах действовала одиа воля, разрушая тем самым цельность одного из естеств. С этой-то ересью пришлось Св. Мартину бороться. Ее главными распространителями были один за другим три патриарха Константинопольских, Павел, Сергий и Пирр, александрийский патриарх Кир, Феодор епископ Фаранский и императоры Гераклий (610—641) и Констанс (641—668).
Впервые проявилось монофелитство в указе императора Гераклия, обнародованном в 638 г. под названием Эктезиса (Изложение) и тайно составленном Константинопольским патриархом Сергием. Указ этот от начала до конца богословский трактат. Он запрещает проповедь о двух естествах во Христе, но разрешает признавать в Нем лишь одну волю.
Тогда как Сергий, а за ним Пирр и Павел старались распространить этот указ, римские папы не только отказались его подписать, но даже произнесли ему анафему; точно также спустя 10 лет патриарх Павел сделал вид что он уступает, а сам между тем издал указ, обнародованный императором Констансом в 648 г. под названием Типос (образец), в котором запрещался всякий спор о едином естестве или единой воле так же как и о двух природах и двух волях. Истину заглушало молчанье.
Тогда и явился Мартин.
Скоро после своего избрания на папский престол, зная через своего апокрисиария о положении дел в Константинополе, где до своего избрания в папы он сам исправлял должность апокрисиария, и в силу просьбы оставшихся верными православию на Востоке и видевших спасение для кафолической веры в авторитете  преемника Петра, он созвал в 649 г. в Риме собор Латеранский, на котором присутствовали 105 епископов.
На собор были введены по их просьбе тридцать семь аббатов, восточных священников и монахов, проживающих в Риме; во главе их был Иоанн, настоятель Лавры Св. Саввы в Иерусалиме, Феодор, настоятель греческой Лавры Св. Саввы в Африке, Фалассий, настоятель армянского монастыря Св. Рената в Риме, и Георгий, настоятель Киликийского, монастыря
в Риме. Среди епископов были и восточные, например Стефан Дорский. Однажды, во время своей борьбы с монофелитством, св. Софроний Иерусалимский решил послать одного из своих епископов к римскому первосвященнику. Он его свел на Голгофу и там во имя распятого Бога он его умолял поехать в Рим, доступ в который ему, Софронию, был закрыт благодаря нашествию сарацинов. «Пройдите всю землю от края и до края, сказал он ему, дойдите до апостольского престола, этого основания православной веры, ясно изложите пред святыми лицами этого престола поднятые в наших краях вопросы, не переставайте их молить и умолять доколе их божественная и апостольская мудрость не изречет всепобеждающее определение и не уничтожит на основании канонов новую ересь».
Св. Софроний в то время (640 г.) уже умер, но епископ, которому он так говорил, был Стефан Дорский. На втором заседании Собора он так держал речь: «В силу первенства римского престола Софроний архиепископ Иерусалимский прислал меня в Рим обличить заблуждение Феодора Фаранского, Кира и Сергия и добиться их осуждения. Софроний взял с меня обещание на Голгофе исполнить это поручение, я ему обещал и я верно держу обещанное... Восточные и я, мы повторяем просьбу Софрония, чтобы вы обрадовали весь мир провозглашением православной веры». Обращаясь к папе он прибавил: «Я желал обличить монофелитство перед знаменитой кафедрой, начальствующей над всеми кафедрами, я обращаюсь к божественной и верховной кафедре, дабы она совершенно излечила рану. Так поступать изначала и со властью привыкла ваша кафедра вследствие своего канонического и апостольского авторитета. Очевидно, что Петр один между всеми получил ключи не только одного неба. Кроме ключей неба, которое он отверзает на счастье верных и закрывает на беду неверных, этому истинному вождю и корифею апостолов было первому дано пасти овец всей Церкви Кафолической... ему одному было поручено утверждать, когда они поколеблются, своих единомышленников и духовных братьев, потому то предвидение воплощенного Бога ему дало надо всеми ними священническую власть и авторитет».
Латеранский Собор издал 20 канонов против монофелитства на латинском и греческом языках; они были впоследствии приняты шестым вселенским Собором и их считали лучшим и яснейшим изложением православного учения Кафолической Церкви. Собор анафематствовал покровительствующих монофелитству епископов Феодора Фаранского, Кира Александрийского, Сергия, Пирра и Павла Константинопольских, Эктезис написанный Сергием и направленный Гераклием «против православной веры», Типос, вдохновленный Павлом и обнародованный Констансом «против Кафолической Церкви»; они все подверглись анафеме как «восстающие против Кафолической Церкви»; и было приказано считать оправданными и восстановленными во всех своих правах всякого «благочестивого и православного защитника Кафолической Церкви», осужденного и низложенного ими; наконец анафеме подвергались и те, которые враждебны этим канонам и которые «диавольским наущением кривыми путями и хитростью будут действовать против благочестивых, отеческих и соборных решений православных сынов Кафолической Церкви».
Все присутствующие епископы дали свою подпись, а папа Св. Мартин подписался следующим образом: «Мартин, Божией милостью епископ святой Кафолической и апостольской Церкви города Рима, как судья подписываюсь под это определение, которое утверждает православную веру и приговор над Феодором, некогда епископом Фаранским, над Киром Александрийским, Сергием Константинопольским, над Пирром и Павлом,
его преемниками и их еретическими писаниями, над безбожными, ими обнародованными, Эктезисом и Типосом».
Так действовал Мартин в области учения. Чтобы утвердить его, он разослал Соборные Деяния всем епископам и императору Констансу, а верным антиохийского и иерусалимского патриархатов он отдельно послал энциклику, дабы предостеречь их против еретических патриархов Антиохии и Александрии. Он объявляет еретиком и незаконным пастырем нового иерусалимского патриарха Сергия и поручает управление патриархатом Иоанну Филадельфийскому и в помощь ему дает четырех советников. Одновременно, «в силу апостольской власти данной ему Христом чрез Петра святейшего и корифея апостолов», он приказывает, чтобы юрисдикция таким образом созданной викарной коллегии простиралась не только до пределов иерусалимской кафедры, но и на весь антиохийский патриархат.
Св. Мартину вскоре пришлось страданиями запечатлеть непреоборимую твердость, которую он проявлял в вопросах доктринальных и в деле административном, вопреки официальному противодействию Византии. Одновременно, и также как он, пострадал один из величайших церковных писателей, великий ученый и философ Максим Исповедник, иеромонах, авва Хрисополитанский. Он тоже смотрел на Римский Престол как на светоч истины. Он писал: «Со всех концов земли, очи всех обращены на святейшую Римскую Церковь в ожидании, что она прольет на всех лучезарный свет святых догматов наших отцов. Так как со времени воплощения Слова, все христианские церкви всего мира не имели и не имеют другого столпа и утверждения кроме этой великой Церкви».
В другом письме, он утверждал, что единственным способом для византийского патриарха Пирра доказать свое православие было: «повиниться перед святейшим Папой Римским, т. е. перед Апостольским Престолом, получившим от Самого воплощенного Слова и от святых соборов власть над всеми Божиими церквами во всем мире, а также право и власть вязать и решить всех и вся».
Таким образом кафолики всех стран собирались вокруг Римского Престола, и потому император Констанс вознамерился лишить православных самой твердой их поддержки. Он поручил своему представителю в Равенне, экзарху Олимпию, схватить папу и убить его. Ему это не удалось и он сам восстал против императора с большей частью своего войска. Впоследствии враги Св. Мартина, чтобы обосновать его осуждение, взвели на него ложное обвинение, будто бы он возбуждал Олимпия к восстанию. Новый экзарх Феодор Каллиопас был более ловкий и более счастливый интриган. Ему хитростью удалось завладеть Папой, посадить его на судно и тайно увезти в ночь с 18 на 19 июня 653 г. После трехмесячного плаванья св. Мартин прибыл на остров Наксос, один из Цикладских островов, где он оставался в темнице целый год, перенося такие болезни и лишения, что был близок к смерти. 17 Сентября 654 г. его перевезли в Константинополь, где толпа его встретила с насмешками и бранью. Он был в тюрьме 93 дня, больной и умирающий с голода, прежде чем явиться перед судьями. Его обвинили в участии в восстании Олимпия, так как нужна была наличность преступления, а между тем византийцы были слишком проникнуты сознанием преимуществ преемника Св. Петра, чтобы его обвинять в ереси. Когда председатель суда принуждал Св. Мартина оправдываться, то он начал защитительную свою речь так: «Когда Типос был обнародован и послан в Рим...» Но префект Троил немедленно воскликнул: «Ты не должен говорить о вере, но о восстании, в котором тебя обвиняют».
Мартину оставалось по примеру Христа молчать перед своими судьями. Он подвергся оскорблениям толпы; его волокли через весь город с цепью на шее и ввергли в темницу, почти нагого, не смотря на суровую зиму. Все это мучительство имело единственной целью заставить папу войти в общение с Константинопольской церковью: «Делайте со мной, что хотите, объявил папа, изрубите меня на куски, как вы приказали, но я не буду никогда в общении с константинопольской церковью». После 85 дневного заключения в новой тюрьме, Мартин был отправлен в Херсонес (в Крыму), где его лишали всего, даже хлеба. Наконец он почил 16 сентября 655 г. и был прославлен как мученик. Его тело предано земле «около Херсонеса в церкви Божией Матери Влахернской, куда вскоре стали стекаться к его могиле паломники со всего востока. В 669 г. уже в их монографии о монофелистве агиографы братья Феодосий и Феодор иеромонахи Гангрские величали Св. Мартина славными титулами: «верховнейший и апостольский папа, председатель всей церковной иерархии правоправящей под небесами, папа верховнейший и вселенский, папа апостольский и корифей». Позднее, но не известно точно в котором году, останки его были перевезены в Рим и положены в церкви Св. Мартина Турского или Милостивого. Церковь наша празднует память его 14 апреля и величает его величанием, которым чествуют святых Пап: «Что тя ныне, Мартине, провещаем?.. Верховника священных повелений божествениых неложна ... (Стихиры). В каноне знаменитого песнопевца Иосифа (+ 883) читается: «Украсив Петров божественный престол и на того камени Церковь неколеблему соблюд, Мартине, с ним прославился еси (песнь 7-я).
Приведем из этой же песни 7-й часто въшускаемое в современном славянском тексте место, которое находится в греческом оригинале: «Признаем тебя за основание епископов, за столп веры православной и за наставника в духовном учении».