Екатеринодар (ныне - Краснодар) был основан в конце XVIII в. в качестве столицы Кубанского казачьего войска на южных рубежах России. Известно ,что уже в 1860 году в казачьих подразделениях служили офицеры и рядовые католического вероисповедания.

В каталоге духовенства и церквей Тираспольской римско-католической епархии на 1917 год указывается: в Екатеринодаре приходская церковь во имя Розария Пресвятой Девы Марии, каменная, сооружена в 1893 году на добровольные пожертвования, освящена Епископом Иосифом Кесслером 15 июня 1907 года . Накануне октябрьского переворота временным настоятелем прихода был о. Вл. Селява. К приходу относились также города Темрюк и Майкоп (в последнем существовал каменный филиальный храм св. Антония Падуанского, сооруженный в 1914 г.), станицы Крымская и Тихорецкая, другие станицы и хутора Екатеринодарского отдела Кубанской области.
Храм действовал до 1937 года. После войны он был перестроен в жилой дом, который сохранился до наших дней и находится по адресу: ул. Советская, 32.
Возрождение прихода в Краснодаре началось в 1993 году. Приехавший из Польши в 1992 году, настоятель прихода св. Михаила на хуторе Семеновском о. Анджей Моравский сумел разыскать католиков и в областном центре. 6 декабря 1993 года состоялось учредительное собрание католического прихода, согласно решения которого 27 декабря 1993 года в отделе юстиции Краснодарского края было зарегистрировано римско-католическое религиозное объединение церкви Розария Пресвятой Девы Марии и святой Варвары. С этого периода о. Анджей стал раз в месяц совершать мессу в помещении фирмы СЕАБ . В 1994 году архиепископ Тадеуш Кондрусевич отозвал о. Анджея в Москву: где он был назначен настоятелем прихода свв. Петра и Павла. Служение в Краснодаре продолжил его преемник, настоятель прихода на хуторе Семеновском, о. Януш Бляут. К этому времени мессы стали совершаться в Доме национальных культур.
В 1996 году посетивший Россию священник из Германии о. Пауль Кайзер изъявил желание оказать материальную помощь в строительстве храмов в Краснодаре и Анапе. Единственным условием было посвящение их в будущем святому Либорию - покровителю диоцеза Падерборн (родной епархии о. Пауля).
В 1996 г. о. Анджей Моравский возвратился в Краснодар. В этом же году администрацией города был выделен участок под строительство площадью 0,4 га по адресу: ул. Пустовойта, 10/113. Пока что этот район города является отдаленной окраиной и заселен слабо, но план перспективного развития Краснодара предусматривает здесь в будущем строительство жилых районов.
16 сентября 1996 года Апостольский нунций архиепископ Джон Буковский освятил строительную площадку храма св. Либория. С этого времени началось освоение участка и возведение временной часовни. 16 марта 1997 г. архиепископ Джон Буковский освятил временную часовню, представляющую собой небольшое помещение типового торгового павильона. В июне того же года началось строительство жилого дома для священника и помещений для катехизации. 17 августа 1997 г. Апостольский администратор европейской части России архиепископ Тадеуш Кондрусевич в присутствии Генерального викария епархии Падерборн о. Бруно Крессинга и о. Пауля Кайзера освятил краеугольный камень будущего храма, строительство которого началось в сентябре. Новый храм, к которому прилегают вспомогательные помещения, выделенные в двухэтажное строение, имеет вид массивного здания с плоской крышей и вытянутыми по горизонтали узкими оконными проемами. Освящение храма совершил 14 ноября 1999 года Апостольский нунций архиепископ Джон Буковский в присутствии епископа Клеменса Пиккеля и священников юга России.