Ко времени отпадения западной церкви от союза с восточной истинная христианская вера утвердилась на Руси. Восточная церковь, расширившись на Севере (балканские государства) и на Востоке (Русь), сокращалась в остальных своих пределах. Началось это еще с 7-го века, когда появились страшные завоеватели, аравитяне-мусульмане. В течение 7-10 веков они постоянно нападали на Византийскую империю и отнимали у нее постепенно одну область за другой.

Греко-восточная церковь потеряла за это время много своих епархий. Правда, к 11-му веку могущество аравитян (сарацин) сильно поколебалось на востоке, вследствие распада их обширного халифата (Багдадского) на множество враждебных друг другу государств, и Византийская империя (при Никифоре, Фоке и Цимисхие) начала было отнимать у них свои области, но это продолжалось не долго. Около половины 11-го века во главе мусульманского мира на востоке стали турки-сельджуки, которые сделались еще более чем сарацины, жестокими врагами Византийской империи и греко-восточной церкви. Варварские племена турок сельджуков в конце 10-го века проводили бродячую жизнь около Каспийского моря, в стране нынешних киргизов, и иногда помогали сарацинам в их набегах. В половине же 11-го века сельджуки, под предводительством своего султана Тогрульбека, мало-помалу, начиная с Персии, стали завоевывать сарацинские царства Багдадского халифата. Принявши еще раньше мусульманство и смешавшись с побежденными сарацинами, они продолжали их борьбу с христианским миром.

Византийский император Роман Диоген, желая остановить их нашествие на малую Азию, выступил сам против них с войском; но в 1071 году был разбит на голову в Армении и взят в плен. После этого сельджуки скоро завладели всей Каппадокией, Киликией, Исаврией, Иконией и другими греческими областями, так что почти вся Малая Азия находилась в их руках. Из этих областей образовалось в Малой Азии сильное Иконийское сельджукское царство, столицей которого была Никея. Таким образом, для греко-восточной церкви были потеряны почти все малоазийские епархии. В то же время сельджуки завладели Сирийскими городами — Антиохией, Дамаском и другими, принадлежавшими Византии со времен Никифора, Фоки и Цимисхия. Они даже не раз угрожали осадой самому Константинополю. Владычество турок-сельджуков для христиан было гораздо тягостней, чем владычество сарацин, так как сельджуки были грубее сарацин, нравы которых значительно смягчились вследствие распространения между ними образования.

Турки, по рассказам современников, врывались в дома христиан и грабили их имущество; врывались во время богослужения в церкви, вскакивали на престолы, опрокидывали и попирали ногами священные сосуды, ругали и били священников и тому подобное. К несчастью византийские императоры не могли оказать никакой помощи христианам, страдавшим под игом турок. Дозволяя туркам безнаказанно отрывать от империи целые области, они посвящали все свое время придворным интригам. Только к концу 11-го века восточные христиане получили было некоторую надежду на облегчение своей участи, когда на освобождение св. Земли и гроба Господня поднялись с запада, так называемые крестоносцы. Но и эта надежда не сбылась.

Крестовые походы, вместо ожидаемого облегчения участи восточных христиан, принесли им много зла. До сих пор их притесняли сарацины и турки, теперь же стали притеснять и латиняне. Крестовые походы начались по инициативе пап. Убеждая крестоносцев освободить от власти неверных св. Землю и Гроб Господень, папы имели в виду еще другую цель — распространить, при их пособии, свое влияние на востоке и даже подчинить себе восточные церкви. Для пропаганды латинства на востоке и своей власти, они посылали туда, вместе с крестоносными ополчениями, своих епископов, священников и монахов, которые сами лично и через крестоносцев делали страшные притеснения восточным христианам. Притеснения начались со времени первого же крестового похода (1096 г.). Так, проходя через европейские владения Византийской империи, грубые крестоносцы, возбуждаемые латинским духовенством, с презрением и неприязнью относились к грекам и православной церкви. Были даже случаи ограбления греков крестоносцами. Когда же они пришли в Азию и стали понемногу отнимать у турок греческие области, то своей насильственной пропагандой в пользу латинства и папства совершенно стеснили православное население востока.

Только благодаря хитрой политике византийского императора Алексия 1-го Комнина, некоторые малоазийские области и города, отнятые крестоносцами у султана, напр. Никея, остались свободными от влияния латинян. В Сирии же и Палестине они взяли решительный перевес над православными. Так, завоевав Антиохию (1098 г.), они поставили там своего латинского патриарха и подчинили ему Антиохийскую православную церковь. Патриарх Антиохии, престарелый Иоанн должен был оставить свою кафедру и искать убежища в Константинополе; там он и умер. То же было и после взятия крестоносцами Иерусалима (1099 г.); латиняне и здесь поставили своего патриарха. Православный патриарх Иерусалима, Симеон, подавший первую мысль об освобождении Гроба Господня, был забыт. Он удалился на Кипр и там скоро умер. Хотя православные и выбрали ему преемником Евфимия, но не имея возможности устроить кафедру в Иерусалиме, проживал все время в Константинополе. Вместе с тем латиняне в завоеванных областях поставили своих митрополитов и епископов: в Вифлееме, Тире, Кесарии, Назарете и других городах. Все они были в зависимости от латинского патриарха в Иерусалиме. При таком усилении на востоке латинской иерархии, естественно, православные монастыри и церкви поступили в их распоряжение.

По праву завоевателей, латиняне считали и все православное население востока принадлежащим к их церкви и, поэтому, требовали от всех безусловного подчинения папе. Если же со стороны православных были попытки восстановить значение православной церкви, то латиняне с негодованием отвергали их. Так было, например, в начале 12-го века, когда Византийский император Иоанн Комнин (1118-1143 г). просил крестоносцев дозволить жить в Антиохии православному патриарху совместно с латинским. Сами латиняне свидетельствовали об усилении своей церкви на востоке. Во второй половине 12-го века один латинский епископ доносил папе, что церковь их начала процветать на востоке и Господний виноградник начал пускать новые отрасли.

Положение крестоносцев в Палестине было не прочно и держалось только силой оружия. Когда у них начались раздоры, христианские государства на востоке склонились к падению. Турки вели постоянную борьбу и султаны Нурредин и Саладин отняли у крестоносцев Иерусалим и другие города. Только тогда был восстановлен православный патриарх в Иерусалиме. В конце 13 века турки положили конец владычеству крестоносцев на востоке.

Притеснения со стороны латинян испытывали еще с первого похода крестоносцев церкви Сирии и Палестины. Со времени же 4-го похода (в начале 13 века) игу латинян подпала и константинопольская церковь.

В 1195 году византийский император Исаак 2-ой был низвержен с престола, ослеплен и заключен с тюрьму своим братом Алексеем 3-м, который провозгласил себя императором. Сын Исаака, царевич Алексей, бежал из Константинополя и отправился на запад искать помощи против дяди. В это время готовился четвертый крестовый поход и крестоносцы собирались уже в Венеции, чтобы оттуда отправиться на Восток. Сюда же прибыл и царевич Алексей. Он просил крестоносцев, прежде чем отправиться в Палестину, помочь ему и его отцу в возвращении престола. Венецианский дож, Генрих Дондоло, рассчитывая из этого дела Венецианская республика может много выиграть для своей торговли, убедил крестоносцев согласиться на предложение царевича. К тому же Алексей обещал заплатить 200,000 марок серебра, снабжать в течение года продовольствием, послать с ними в Палестину 10,000 войска и навсегда содержать там 500 рыцарей и, наконец, обещал подчинить восточную церковь папе. В 1203 году крестоносцы подошли к Константинополю и немедленно приступили к осаде. Малодушный Алексей 3-й ночью бежал из города. Тогда греки сочли за лучшее возвести на престол сверженного Исаака Ангела, вместе с его сыном Алексеем 4-м. Цель похода крестоносцев была достигнута. Оставалось только выполнить договор, заключенный с ними царевичем. Хотя Исаак подтвердил этот договор, но выполнить его было трудно. В казне денег не было, платить нечем. Императоры объявили новые налоги, стали забирать церковные драгоценности — золотые и серебряные оклады с икон и сосуды. Но такие действия возбудили крайнее недовольство греков, которые еще более усилились когда узнали, что царевич обещал подчинить папе Восточную церковь. Алексей был в дружеских отношениях с крестоносцами, но они раздражали греков своим поведением и уже было несколько кровавых столкновений.

Положение дел в Константинополе было самое натянутое. Вскоре оно разрешилось возмущением: народ потребовал избрания нового императора. Этим воспользовался один из предводителей возмущения, некто Алексей Мурзуф. Царевич Алесей 4-й, по его приказанию был удавлен, а старый и больной Исаак вслед затем умер с горя. Мурзуф был провозглашен императором. Крестоносцы, потеряв надежду получить обещанное, решили сами себя вознаградить разграблением Константинополя. К этому же подстрекало их и латинское духовенство в видах подчинения Восточной церкви папе. Они вторично осадили город и скоро его взяли. Алексей Мурфуз, патриарх Иоанн Камитир и тысячи греков бежали. Крестоносцы же, мужи крови (по выражению им современного историка), предали Константинополь огню и мечу. Они убивали поголовно всех греков, не различая ни пола ни возраста, грабили церкви и монастыри, расхищая ценности, грабили даже св. мощи, древние рукописи и книги, которые потом переправляли на запад. К этому они еще присоединили поругания — бесчестили монахинь, вводили в церковь лошаков, иконы бросали на землю и, сидя на них, пиршествовали и играли в карты. Латинское духовенство не только не останавливало крестоносцев, но даже помогало им в грабеже и поругании святынь. Словом, латиняне поступили с Константинополем так же варварски, как в последствии поступали с ними турки.

Еще до взятия Константинополя между крестоносцами и привезшими их венецианцами был заключен договор относительно раздела добычи, устройства новой империи, избрании патриарха и императора. Поэтому, вскоре после разграбления города, они устроили в нем свою, так называемую, латинскую империю. Императором был выбран Балдуин, граф фландрский, а патриархом один венецианец Фома Мазарини. Папа Иннокентий 3-й, прежде угрожавший крестоносцам отлучением от Церкви за нападение на греческие города, узнав о взятии Константинополе, благословил дело крестоносцев и приказал им, как и латинским епископам, вводить в православной церкви латинство. Таким образом церковь константинопольская попала в руки латинян. В ней было учреждено несколько латинских митрополий и епископий. Православные епископы и священники были прогоняемы, лишаемы прав и преследуемы. Впрочем, православное население завоеванной империи не хотело знать латинской иерархии и не хотело принимать латинства. Отсюда поднялись жестокие преследования на православных и особенно на духовенство. Так в 1213 году, при императоре Генрихе 2-м, в Константинополь прибыл папский легат Пелагий, присланный именно затем, чтобы превратить константинопольскую церковь в латинскую. Встретив противодействие со стороны православного духовенства и монашества, он начал ссылать монахов в заточение, священников заключать в тюрьмы, запирать православные храмы и т.п. Только, по просьбе знатных греков, угрожавших удалением из Константинополя, в случае продолжения преследований, император Генрих освободил из заключения монахов и священников и отпер церкви.

Владычество латинян в Константинополе продолжалось до 1261 г. В то время, как крестоносцы устраивали свою латинскую империю, из областей падшей Византии образовалось также несколько независимых государств. Из них более замечательным было Никейское, основанное зятем Алексея 3-го, Феодором Ласкарисом, который считал себя законным обладателем императорской короны. В Никею переселились многие греки из Константинополя, а также патриарх. Мало помалу Никейское государство, под управлением своим умных и дальновидных государей, усилилось до того, что смогло вступить в борьбу с латинянами за обладание Константинополем. В 1261 году никейский император Михаил 8-й Палеолог, наконец, отнял у них Константинополь и восстановил Византийскую империю, а вместе и православную Церковь.

Едва только греко-восточная Церковь освободилась от врагов христиан, как с востока поднялись на нее враги мусульмане. Это — османские турки, которые положив конец Византийской империи, подвергли Церковь страшному игу, продолжающемуся до настоящего времени. Османские турки, теснимые монголами, в первой половине 13 века, из внутренней Азии переселились на запад в Малую Азию. Здесь они вначале поступили на службу к сельджукскому султану, потом по разрушении Иконийского царства монголами, они под предводительством султана Османа, укрепились в городах Вифинии и образовали разбойничье государство. Осман дал туркам свое имя. Его сын Орхан (1326-60 г). подчинил себе Никомидию и большое количество греческих городов в Малой Азии и сделал Бруссу своей столицей. Он первый принял титул падишаха и назвал ворота своего царства высокой портой, (Оттоманская порта). Греческий император Андроник 3-й Палеолог (1328-41 г). хотел было остановить успехи османов, но (в1333 г). под стенами Никеи потерпел поражение, после чего Никея отошла от империи к туркам. Во время своих завоеваний Орхан пролил много христианской крови. Многие из малоазийских христиан, чтобы избавиться от смерти или не лишиться свободы, принимали мусульманство. Преемник Орхана, Мурад 1-й (1360-89 г.), перешедши в Европу, отнял у греков Фракию и город Адрианополь, который сделал своей столицей (1362 г.). Сербы, болгары и венгры надеялись было соединенными силами остановить нашествие Мурада на Европу, но были разбиты на голову. Своими жестокостями Мурад наводил ужас на всю Европу. Целые тысячи европейских христиан, особенно женщин и детей, были отправляемы в Малую Азию для заселения пустынных мест; там их обращали в мусульманство. Особенно тяжело было для христиан распоряжение Мурада, чтобы пятый из всех военнопленных свыше 15-ти летнего возраста поступал в распоряжение султана. Их обучали турецкому языку и мусульманскому учению и зачисляли в разряд янычар.

Напрасно император Иоанн 5-й Палеолог (1341-1391 г). путешествовал на запад и просил там помощи, и в ожидании этой помощи от папы, принял католичество — никто не помогал. Сын Мурада, Баязет 1-й (1389-1403 г). завоевал Болгарию, часть Сербии, Македонию, Фессалию и Элладу и принудил византийского императора Мануила 2-го Палеолога (1391-1425 г). платить дань. Византийская империя заключалась теперь почти в одном Константинополе. Баязет ненавидел христиан еще более своего предшественника, и потому губил их без пощады. Единственным средством спасения было принятие мусульманства. Поражение, нанесенное Баязету Темерланом, только на некоторое время отсрочило падение Византийской империи. После непродолжительных беспорядков в Турецкой империи после смерти Баязета, могущество турок скоро было восстановлено его преемниками — Магометом 1-м (1413-21 г.), и Мурадом 2-м (1421-51 г.). Византийский император Иоанн 6-ой Палеолог (1425-48 г.), отказавшийся было от дани туркам, принужден был снова платить её. А преемник его, последний византийский император Константин 11-й (1449-1453 г.), просил уже согласия Мурада на занятие императорского престола, признавая себя его вассалом. В 1453 году, при Магомете 2-м, Константинополь пал, а с ним и церковь попала в руки неверных.